Четвертый семестр
Главный сайт
|
Задание 1
Искомый ген BLi02994, он же SdhC из организма Bacillus licheniformis DSM 13.
Последовательность
Был получен 1 хит, который являлся КОГом.
Идентификатор КОГа: COG2009
E-value белка относительно КОГа: 2.32e-13
Интервал остатков: 16-351
Название и функция КОГа (англ): Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, cytochrome b subunit
Название и функция КОГа (рус): Сукцинатдегидрогеназа/фумаратредуктаза, субъединица цитохрома б
.
Задание 2
Вместо базы данных SEED использовалась STRING. Была получена картина белкового окружения:
Условные обозначения:
В разных таксонах:
В окружении гена попадаются следующие белки:
SdhA (сине-голубой), B (желто-зеленый), C (бело-красный) - субъединицы искомого белка.
Белок - мембранный якорь искомого белка (белый треугольник).
Был найден оперон 108724 организма Bacillus licheniformis DSM 13, содержащий искомый ген SdhC.
В опероне так же присутствуют гены SdhB, SdhA, YsmA и BLi02990.
SdhА кодирует флавопротеиновую субъединицу сукцинатдегидрогеназы (YP_006714330.1)
SdhB кодирует железо-серную субъединицу сукцинатдегидрогеназы (YP_006714329.1)
SdhС кодирует субъединицу с цитохромом b558 сукцинатдегидрогеназы (YP_006714331.1)
YsmA кодирует тиоэстеразу (YP_006714328.1)
BLi02990 кодирует дегидрогеназу (YP_006714327.1)
В найденный метаболический путь (цитратный цикл) входят белки SdhА, В и С (на схеме обозначены красным полем),
что неудивительно, ведь это субъединицы одного фермента - сукцинатдегидрогеназы, которая превращает сукцинат в фумарат с удалением воды.
Кроме того многие белки, найденные STRING год назад так же есть в этом цикле, например сукцинил-КоА синтетаза (фиолетовое поле)
или цитратсинтаза (синие поле).
Сводная таблица
| | Идентификатор | BLi02994 |
| Название гена | SdhC |
| Организм | Bacillus licheniformis |
| Функция белка | Субъединица с цитохромом b558 сукцинатдегидрогеназы |
| KEGG | Цитратный цикл |
| Номер оперона | 108724 |
| Белки из того же оперона | YsmA, SdhА, SdhВ, BLi02990 |
| Белки из геномного окружения | SdhА, SdhВ, SucA, SucB, SucC, GltA |
Задание 3
Задание 3 (отнесение к терминам GO) оформлено на отдельной странице отдельной странице.
==============================================================================================================================================
|