Поиск сигналов

Задание 1.1. Поиск мотива программой MEME

Выдача MEME
Задача заключалась в поиске сайта связывания транскрипционного фактора MecI в геноме золотистого стафилококка 
(Staphylococcus aureus subsp. aureus N315) - бактерии, живущей на коже человека и вызывающей широкий спектр кожных
заболеваний. Результаты работы программы MEME (запрашивалось 0-3 последовательности):

Лого:



PWM:

E-value: 2.0e-011
Паттерн: ATAYTACAAATGTAGTMT 

   Задание 1.2. Поиск похожих мотивов программой ТОМТОМ 
Поиск осуществлялся в базе данных RegTransBase.

Название найденного ТФ: Nucleotide reductase regulation protein (регулятор нуклеотидредуктазы) NrdR 
Видно, что E-value большое и мотивы заметно различаются. Многие позиции полностью различны, длина также различается на 2 нуклеотида.

   Задание 1.3. Поиск мотива в геноме программой FIMO 
Был проведен поиск в геноме бактерии данного мотива программой FIMO (по upstrean regions - именно там обычно связываются транскрпционные
факторы). P-value было ограничено 1e-04, было получено 187 находок.
Список находок

Лучшие находки:



Две лучшие находки - гены mecR1 и mecA.



К сожалению база данных STRING никак не связывает их. Зато в родственном виде Staphylococcus epidermidis RP62A ген mecR1 связан с геном
нашего транскрипционного фактора mecI (на рисунке). Они находятся рядом друг с другом в геноме.


Функции генов:
mecR1 - регулятор резистентности к метицилину
mecA - адаптор, распознает неправильно свернутые белки и направляет ClpC-протеазу на них



   Задание 2.1. Сравнение с сайтами метилирования 

Координаты генов:
MecR1    47137..48894
MecA     45031..47037 (complement)

Для поиска использовались участки связывания ТФ и окружающие их 20 нуклеотидов с каждой стороны (так мотивы расположены на расстоянии 3 нуклеотида
друг от друга, но на разных цепях, было взято их объединение их окружения).

Результаты поиска: 
Список находок

Список находок длиной 3 и более:
  Start     End  Strand Pattern                 Mismatch Sequence
      8      10       + pattern824:VCW                 . CCT
     11      13       + pattern824:VCW                 . CCT
     22      24       + pattern824:VCW                 . ACT
     25      27       + pattern824:VCW                 . ACA
     41      43       + pattern824:VCW                 . ACA
      7      11       + pattern838:YSCNS               . TCCTC
     12      15       + pattern351:CNNR                . CTTA
     42      45       + pattern351:CNNR                . CAAA
     60      63       + pattern351:CNNR                . CAAA
     23      34       + pattern379:CTANNNNNNTAG        . CTACATTTGTAG
     31      42       + pattern688:GTANNNNNNTAC        . GTAGTATATTAC
     50      60       + pattern692:GTAYNNNNGTC         . GTATTTATGTC
     21      23       + pattern745:SAY                 . GAC
     26      28       + pattern745:SAY                 . CAT
      8      11       + pattern263:CCDS                . CCTC
      8      11       + pattern285:CCTC                . CCTC
Видно, что многие находки соответствуют очень слабым (неспецифичным) паттернам. Лучшие паттерны - 379, 688 и 692,
в них 6 точных букв.
Многие находки попадают на сайты связывания (участок 21-52).

   Задание 2.2. Поиск метилтрансфераз в REBASE 
Штамм 1
Штамм 2
Штамм 3
В геномах трех штаммов золотистого стафилококка было найдено в общей сумме 120 метилтрансфераз, но точные сайты
для работающих с ДНК метилтрансфераз указаны не были. Видимо это не так легко предсказать.



 	
==============================================================================================================================================

Сайт находится в стадии разработки