Седьмой семестр
Главный сайт
|
Использовалася белок глицерол-3-фосфат дегидрогеназа (PDB: 1x0x).
При слегка измененных начальных условиях (порог расстояния - 5.4 A, порог количества атомов в кластере - 5, а не 3) нашлось:
Рис. 1. Пять маленьких кластеров, явно не являющихся настоящими кластерами.
и
Рис. 2. Три больших кластера
При помощи BLAST было выяснено, что в глицерол-3-фосфат дегидрогеназе есть лишь один домен. И действительно, стоило увеличить порог расстояния
до 6 A, как все кластеры, маленькие и большие, слились в один.
Рис. 3. Доменная структура белка
Рис. 4. Единственный кластер, порог расстояния - 6 A, порог количества атомов в кластере - 5.
2. Контакты белка и ДНК
Была взята структура топоизомеразы 1-го типа (PDB: 1A36)
Рис. 5. Общий вид комплекса
Рис. 6. Кластеры при установках по умолчанию.
Рис. 7. Комплексы при пороге расстояния 6 A, пороге количества атомов в кластере - 10.
Удалось почти отделить кластер ДНК от кластеров белков! Но так дело не пойдет. Надо искать контакты между белком и цепями ДНК.
Рис. 8. Кластеры между белком и первой цепью ДНК. Порог расстояния - 6 A, порог количества атомов в кластере - 3.
Рис. 8. Кластеры между белком и другой цепью ДНК. Порог расстояния - 6 A, порог количества атомов в кластере - 3.
Похоже на правду. Изомераза активно взаимодействует с ДНК, эти четыре сайта должны обеспечить контролируемое разрезание и сшивание одной из цепей.
==============================================================================================================================================
|