Седьмой семестр
Главный сайт
|
1. Взаимодействия с белками из соседних ячеек
Была взята структура 1x0x с базы данных PDB. Это фермент глицерол-3-фосфат дегидрогеназа человека.
Параметры кристалла:
CRYST1 116.599 116.599 153.742 90.00 90.00 90.00 I 41 2 2 16
В ортогональной ассиметрической ячейке аж 16 молекул!
Рис. 1. Достроенный кристалл и элементарная ячейка.
Видно, что кристалл не очень явный (PyMOL не выдержал попытки восстановть кристал на большем объеме). Видимо именно это привело к такому
большому числу молекул в ячейке.
Рис. 2. Водородные связи между соседними молекулами предполагаемого димера.
Ассиметрическая единица (и сама структура) состоит из одной молекулы, а биологическая единица есть и из одного, и из двух. Я решил посмотреть
на асимметрические единицы, так как из-за размеров элементарной ячейки проверить контакты между ними было очень сложно.
Рис. 3. Водородные связи между соседними молекулами белка. Три разных группы ограничены синей рамкой.
Здесь видно, что хотя водородные связи соединяют белок с тремя соседями, связей с одним соседним белком много больше. Вероятно, это димер.
2. Странное расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса
Была выбрана структура 1mnm.
Рис. 4. Cтркутура 1mnm.
Видно, что от альфа-спирали в верхнем левом углу отходит непонятный хвост. Для выяснения его природы были достроены окружающие молекулы.
Рис. 5. "Хвост" после достраивания соседних молекул (исходная структура покрашена красным).
Рис. 6. То же, с другого ракурса (исходная структура покрашена красным).
Оказалось, что этот "хвост" укладывается в бета-слой соседнего белка.
3. Два примера PDB файлов, асимметрическая единицы которых не совпадает с биологической единицей
Цистеин десульфураза E.coli SufS имеет две молекулы в биологической единице и одну в асимметрической (структура 6MRI).
Рис. 6. 6MRI, биологическая ячейка.
Рис. 7. 6MRI, асимметрическая ячейка.
Cellular retinoic acid-binding protein 2 человека CRABP2 тоже имеет две молекулы в биологической единице и одну в асимметрической
(структура 6MQJ).
Рис. 6. 6MQJ, биологическая ячейка.
Рис. 7. 6MQJ, асимметрическая ячейка.
==============================================================================================================================================
|