Поиск ортологов OXDC_BACSU в Uniprot

Ортологи - такие гомологи, которые разделились в процессе видообразования, в отличие от паралогов, которые возникают в результате дупликации генов, впоследствии дивергирующих.

Производился поиск ортологов OXDC_BACSU в базе данных Uniprot. Все найденные ортологи оказались из базы TrEMBL, результаты сравнения трёх из них с OXDC_BACSU представлены в таблице 1.



Табл. 1 Сравнение OXDC_BACSU и найденных гомологов
Метка поля Содержание
для своего белка Для ортолога 1 Для ортолога 2
Идентификатор записи ID OXDC_BACSU Q65EW1_BACLD Q62QC8_BACA2
Код доступа первый ("Accession number") AC O34714 Q65EW1 A7Z8P4
Код(ы) доступа остальные) AC - Q62QC8
Дата создания документа DT 06-JUN-2002 (integrated into UniProtKB/Swiss-Prot). 25-OCT-2004 23-OCT-2007
Дата последнего исправления аннотации DT 03-APR-2013, entry version 102. 03-APR-2013, entry version 57 03-APR-2013, entry version 30
Название (краткое описание) белка DE Oxalate decarboxylase OxdC Oxalate decarboxylase OxdC OxdC
Название организма OS Bacillus subtilis (strain 168). Bacillus licheniformis (strain DSM 13 / ATCC 14580) Bacillus amyloliquefaciens (strain FZB42)
Таксономия OС Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus. Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus. Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus.
Название гена и синонимы GN oxdC; Synonyms=yvrK; OrderedLocusNames=BSU33240; oxdC; OrderedLocusNames=BL00821, Bli03580 oxdC; OrderedLocusNames=RBAM_030390
Номер публикации RX PubMed=9639930; PubMed=15461803 PubMed=17704766
Автор(-ы) публикации RA Wipat A., Brignell C.S., Guy J.B., Rose M., Emmerson P.T., Harwood C.R.; Rey M.W., Ramaiya P., Nelson B.A., Brody-Karpin S.D., Zaretsky E.J., Tang M., Lopez de Leon A., Xiang H., Gusti V., Clausen I.G., Olsen P.B., Rasmussen M.D., Andersen J.T., Joergensen P.L., Larsen T.S., Sorokin A., Bolotin A., Lapidus A., Galleron N., Ehrlich S.D., Berka R.M.; Chen X.H., Koumoutsi A., Scholz R., Eisenreich A., Schneider K.,Heinemeyer I., Morgenstern B., Voss B., Hess W.R., Reva O., Junge H.,Voigt B., Jungblut P.R., Vater J., Suessmuth R., Liesegang H.,Strittmatter A., Gottschalk G., Borriss R.;
Название публикации RT The yvsA-yvqA (293 degrees - 289 degrees) region of the Bacillus subtilis chromosome containing genes involved in metal ion uptake anda putative sigma factor Complete genome sequence of the industrial bacterium Bacillus licheniformis and comparisons with closely related Bacillus species Comparative analysis of the complete genome sequence of the plant growth-promoting bacterium Bacillus amyloliquefaciens FZB42
Журнал RL Microbiology Genome biology Nature Biotechnology
Чем обосновано существование белка PE Evidence at protein level (доказательства на уровне белка) Predicted (предсказан) Predicted (предсказан)
Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB DR 1J58, 1L3J, 1UW8, 2UY8, 2UY9, 2UYA, 2UYB, 2V09, 3S0M - -

Можно отметить, что основная бросающаяся в глаза разница между оксалат-декарбоксилазой из Bacillus subtilis и найденными гомологами - в степени изученности. Существование ортологов только предсказано, они никогда не были выделены в виде чистых белков и соотвественно для них не известны 3D-структуры. Предполагается, что они выполняют сходную функцию, длины и последовательности трёх белков если и не идентичны, то очень схожи


  • Какие мутации Вашего белка исследованы? Какие аминокислотные остатки (русское название, трехбуквенный код, номер в цепи) мутировали и к чему это приводило?"
    • Модификация 333-его остатка (замена глутамата Glu на аланин Ala) приводит к 25-кратному уменьшению активности фермента.
  • Последовательность 2-й альфа-спирали - PDML - была получена с помощью команды seqret -sbegin 32 -send 35 sw:oxdc_bacsu.
  • Последовательность 3-го бета-тяжа - RLE - была получена с помощью команды seqret -sbegin 58 -send 60 sw:oxdc_bacsu. Информация о начале и конце элементов вторичной структуры взята из записи Uniprot об OXDC_BACSU.

    • Структура оперона, в который входит OXDC

    Оперон - единица организации информации в геноме прокариот, представляющая собой несколько последовательно идущих генов (цистронов), объединённых общим промотором. Таким образом, они транскрибируются совместно. В состав оперона обычно также входит регулятор, т.к. обычно таким образом организованы гены, продукты которых выполняют последовательные связанные реакции, участвуют в одном биохимическом пути или процессе. Оперонная регуляция - один из наиболее важных способов регуляции транскрипции генов у прокариот.

    C помощью базы данных DOOR (Database of prOkaryotic OpeRons) был найден оперон (№ 9571), в который входит оксалат - декарбоксилаза, он содержит два гена в плюс-направлении, OxdC (3410466 - 3411623, 385aa) и YvrL (3411684 - 3412094, 136aa). Функция второго белка неизвестна. На рисунке 1 представлено графическое представление этого оперона в геноме


    Рис. 1 Оперон №9571 из B. subtilis