SRS

SRS (Sequence Retrieval System) - инструмент поиска в базах данных разной направленности, содержащих информацию о структуре, функциях, работе, родстве etc. биополимеров, а также таксономии и прочие связанных данных.

С помощью SRS был произведён поиск трёхмерных структур для оксалат-декарбоксилазы Bacillus subtilisв базе PDB. Результаты по ссылке

Поиск белков со сходной функцией

С помощью SRS в базе Swissprot был проведён поиск белков, которые могли бы обладать сходной функцией. Так как по первому запросу почти ничего не нашлось, производился поиск по Uniprot. Информация о запросах приведена в табл. 1.

Таблица 1. Встречаемость в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка OXDC_BACSU из Bacillus subtilis.

Формулировка функции белка	Строка запроса	Банк	Количество найденных документов
Функция связана с оксалатом	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & [swissprot-Description:oxalat])	Swissprot	2
Лигазы, функция связана с оксалатом	(([uniprot-Taxonomy:Firmicutes] & [uniprot-Description:oxalate]) & [uniprot-AllText:lyase*])	Uniprot	69

Последовательности десяти белков из последнего запроса
Информация о всех находках из последнего запроса. Жёлтым отмечены белки, для которых были сохранены последовательности.

Особенности

С помощью исследования записи в Swissprot, найденной с помощью SRS, было выяснено, что у оксалат-декарбоксилазы есть, например, такие особенности:

333-й остаток является активным сайтом, выполняя роль донора протона.
FT ACT_SITE 333 333 Proton donor.
С 70-го по 72-й остаток цень делает поворот
FT TURN 70 72
С 269 по 274 остаток тянется β-цепь.
FT STRAND 269 274