Поиск мотивов, программы MEME и MAST
MEME (Multiple Em for Motif Elicitation)- программа множественного локального выравнивания, ищущая блоки - участки множественного выравнивания без гэпов.
С помощью входящей в пакет EMBOSS программы был произведён поиск мотивов в выборке гомологов OXDC_BACSU (см. подробнее здесь).
Вид запроса: ememe sequences.fasta memeout3 -nmotifs 3
memeout3 - имя директории для результатов, -nmotifs - задаёт максимальное число найденных мотивов.
Посмотреть выдачу программы.
Результаты поиска приведены в таблице 1.
Табл.1 Некоторые характеристики найденных мотивов
| Мотив | Сколько последовательностей содержит | E-value | LOGO |
| MOTIF 1 | 31 | 3.8e-518 |  |
| MOTIF 2 | 31 | 1.3e-346 |  |
| MOTIF 3 | 27 | 8.6e-343 |  |
Сравнение мотивов, полученных с помощью MEME и множественного выравнивания из MUSCLE
Как видно из рисунка 1, мотивы совпадают с точностью до гэпов (выравнивая первый и третий мотивы MEME убрала несколько последовательностей, так стало возможным сделать блок шире).
Рис.1 Сравнение множественного выравнивания из MUSCLE и найденных мотивов (кликабельно)
Проект jar
Поиск мотивов в других последовательностях
При помощи MAST можно искать в различных последовательностях мотивы, выделенные МЕМЕ.
Был произведён поиск найденных мотивов в выравнивании seed из Pfam-a (см. пр. 10).
Сначала из выравнивания были удалены гэпы и оно было пересохранено в формат .fasta помощью следующей команды на kodomo: degapseq seed.txt seed.fasta
Затем был произведён поиск в нём мотивов с помощью следующего запроса:
emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html
Результаты работы программы MAST