EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite)

EMBOSS - пакет открытого програмного обеспечения. Позволяет обрабатывать молекулярно-биологические данные и получать информацию соответствующего толка, в том числе обращаясь к крупным базам данных на удалённых серверах.

Команда infoseq

infoseq позволяет получить информацию о последовательности белка или ДНК (из какой-либо базы данных).
Синтаксис: infoseq [код одной из подключенных^* баз данных]:[идентификатор последовательности в этой БД]
Параметры:

• -outfile Задаёт выходной файл, в который выводится информация. В случае отсутвия этого параметра информация выводится на экран
• -html Информация выводится в виде таблицы в файле формата .html
• -[no]columns Вывод информации в виде колонок или с разделителем
• -delimeter Задаёт вид разделителя
• -[no]heading Включает/выключает вывод названий колонок
• -help Справка по команде infoseq. В частности, с помощью этой опции была получена приведённая здесь информация об infoseq
• -no[имя колонки] Не выводит какую либо из колонок
• -only Выводит информацию только из выбранных колонок. Употребляется вместе с приведёнными ниже параметрами
• -usa Выводит Uniform Sequence Address - универсальный код последовательности
• -database Выводит название базы данных
• -name Выводит название белка или гена
• -type Выводит тип последовательности - нуклеотидная или белок
• -accession Выводит код доступа в той базе данных, где производится поиск
• -gi Выводит GI - число-идентификатор записи в одной из баз данных NCBI
• -seqversion Выводит версию записи (в виде [Accesion].[версия записи])
• -length Выводит длину последовательности
• -description Выводит описание
• -organism Выводит название организма
• -pgc Выводит процент содержания G-C пар (для нуклеотидных последовательностей)

* можно посмотреть их список с помощью команды showdb.

Примеры использования:

Запрос 1: infoseq sw:oxdc_bacsu -html -outfile oxdc_bacsu.html -only -usa -name -organism -description
Результат:


Запрос 2: infoseq trembl:q65ew1_bacld -nocolumns -delimiter :: -nogi -nodatabase -notype -noseqversion
Результат:
USA::Name::Accession::Length::Organism::Description
trembl-id:Q65EW1_BACLD::Q65EW1_BACLD::Q65EW1::384::Bacillus licheniformis (strain DSM 13 / ATCC 14580)::(Oxalate decarboxylase) (Oxalate decarboxylase OxdC) (4.1.1.2)

BASH

bash (Bourne again shell) — усовершенствованная вариация командной оболочки Bourne shell. Одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX и наиболее используемая в операционных системах типа Linux. Поддерживает работу со скриптами.

Существует три основных потока:

• 0 - stdin - стандарный входной поток, то, что набирает пользователь в консоли
• 1 - stdout - стандарный выходной поток, содержит результаты работы программы
• 2 - stderr - выходной поток ошибок, содержит сообщения об ошибках

При обычной работе в консоли stderr и stdout выводятся на экран одновременно, определить, что именно показано в данный момент, нельзя. Однако при перенаправлении stdout на stdin другой программы или в файл, stderr продолжает выводиться на экран.

Операторы перенаправления потоков:

• >[имя файла], 1>[имя файла] перенаправляют результат работы команды (stdout) в файл. Если такого файла нет, он создаётся, если он уже существует, то целиком перезаписывается.
• >>[имя файла] перенаправляет результат работы команды (stdout) в файл. Если файла нет, он создаётся, если есть - информация дописывается в конец файла.
• <[имя файла] направляет данные из файла во входной поток stdin
• [программа1]|[программа2]. Такой оператор перенаправляет stdout [программы1] в stdin [программы2]
• 2>[имя файла] перенаправляет в файл выходной поток ошибок stderr
• >&[имя файла] перенаправляет в файл оба выходных потока

Спецсимволы и их комбинации

Часть символов не вопринимается интерпретатором командной строки bash буквально. Некоторые из них приведены ниже:

• '...' - символы в кавычках воспринимаются буквально
• \ - символ после обратной косой черты воспринимается буквально

Перемещения по директориям:

• / - корень файловой системы. Символ служит также для разделения имён директорий при наборе пути
• ~/ - домашняя директория пользователя
• ./ - текущая директория
• ../ - родительская директория

Маски поиска:

• ? - один любой символ
• * - любое число любых символов
• [...] - любой символ из числа указанных в скобках или интервала, указанного в скобках
• [^...] или [!...] - любой символ, кроме указанных в скобках
• {...} - любая комбинация символов из числа указанных (варианты разделяется запятой). Так, {xx,yy,zz} воспринимается как xx или yy или zz

Примеры использования спецсимволов и операторов перенаправления:
grep kitten list.txt > ../dir/kittens.txt найти в файле list.txt слово kitten и сохранить результаты в файл kittens.txt сестринской директории dir
ls -l *.{jpg,jpeg,png} | wc -l посчитать, сколько в текущей директории изображений

Мария Козлова © 2012-2013