Нуклеотидные банки данных
С помощью SRS был получен список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae.Хромосомы:
REFSEQ_DNA:NC_001133 NC_001133 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 230218 REFSEQ_DNA:NC_001134 NC_001134 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 813184 REFSEQ_DNA:NC_001135 NC_001135 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 316620 REFSEQ_DNA:NC_001136 NC_001136 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 1531933 REFSEQ_DNA:NC_001137 NC_001137 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 576874 REFSEQ_DNA:NC_001138 NC_001138 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 270161 REFSEQ_DNA:NC_001139 NC_001139 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 1090940 REFSEQ_DNA:NC_001140 NC_001140 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 562643 REFSEQ_DNA:NC_001141 NC_001141 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 439888 REFSEQ_DNA:NC_001142 NC_001142 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 745751 REFSEQ_DNA:NC_001143 NC_001143 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 666816 REFSEQ_DNA:NC_001144 NC_001144 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 1078177 REFSEQ_DNA:NC_001145 NC_001145 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 924431 REFSEQ_DNA:NC_001146 NC_001146 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 784333 REFSEQ_DNA:NC_001147 NC_001147 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 1091291 REFSEQ_DNA:NC_001148 NC_001148 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 948066Также в выдаче присутствовали геном митохондрии и последовательность двумикронной плазмиды.
13-я хромосома:
- Генов 496, из них кодируют тРНК - 21
- Длина 924431 н.п.
Примеры генов
- не содержит интронов, располагается на прямой цепи: COS3, CDS 7244..8383, product="Cos3p"
- не содержит интронов, располагается на обратной цепи: ATP18, CDS complement(103983..104162), product="F1F0 ATP synthase subunit i"
- содержит хотя бы один интрон, располагается на прямой цепи: GIM5, CDS join(82275..82290,82374..82849), product="Gim5p"
- содержит хотя бы один интрон, находится на обратной цепи: TUB3, CDS complement(join(22048..23360,23659..23683)), product="Tub3p" (Альфа-Тубулин)
Получение последовательности, кодирующей заданный белок
С помощью команды entret sw:OXDC_BACSU был получен AC белка в EMBL.
AC:AJ223978
Для того, чтобы вырезать участок, кодирующий мой белок и сохранить информацию в соответствующий файл, сначала был получен файл с полной записью EMBL с помощью команды
entret embl:AJ223978. Затем с помощью поиска по документу (Find: OXDC_BACSU)были выяснены границы кодирующего участка ("CDS").
С помощью команды seqret -sask был вырезан тот участок последвательности, который кодирует белок OXDC_BACSU.