NAcids

Онлайн BLAST

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Неизвестный 300-нуклеотидный фрагмент:

>31
gactgctagtgctaagtttgtcagtcaagaattggagtcgacatctcaaaagtatgatgt
tgcatgtgaagtcgaatatattaattgtgaggtgactgatacacagtatcgcgtgcttgc
acagcttgcaaataagtttatcgagaaaaatcgaaatcagatcgataagcggattgatga
attaaaaactcttcaatcgagtgatcaatacctttctggttccgcttcatcagcagaatc
gatagattcagtagatacagctgatgatacgatctcaaaatcacctgatgaatcaacggg

Результаты поиска: (Nucleotide blast - blastn, алгоритм megablast)

Организм: Haloquadratum walsbyi
Координаты в геноме: 1145 - 1444
Accession базы Refseq: AM180088.1
Кодирует: Orc1-type DNA replication protein (белок начинается раньше)

Поиск гомолога белка человека в слоне

Команда, использованная для поиска белков человека на букву К: infoseq sw:k*_human -only -name -desc -out list.txt
Выбранный белок: KRT38_HUMAN Keratin, type I cuticular Ha8 (Hair keratin, type I Ha8) (Keratin-38) (K38)
Команда для получения последовательности белка: seqret sw:krt38_human -auto

Результаты поиска (ENA sequence search -> spliced translated nucleotide search):

Скаффолд: supercontig:loxAfr3:scaffold_31:1:29745944:1
Координаты в геноме слона: 23259289<-23169825
Длина выравнивания: 440
BLAST E-Value : 5E-175
Identity(%) : 71
Интронов: 6

Кроме того, слоновий ген сломан, т.к. в первом экзоне есть аж два стоп-кодона.

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Бактерия:

Methylocella silvestris BL2
Порядок Rhizobiales
AC генома CP001280

Выбранная тРНК: Аспарагиновая тРНК, координаты в геноме - 84568-84643 (прямая цепь). Последовательность в формате FASTA

Результаты поиска гомологов:
Порог по e-value - 0,001

megablast - 4 хита:
- Methylocella silvestris BL2, complete genome - геном самой бактерии
- Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039, complete genome
- Starkeya novella DSM 506, complete genome
- Xanthobacter autotrophicus Py2, complete genome
Эти бактерии принадлежат всего к двум семействам из 12ти в порядке
blastn с параметрами по умолчанию - 92 хита
blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 - 100 хитов

Таким образом, megablast со стандартными параметрами, по видимости, ищет более близких гомологов, чем blastn с ними же. Уменьшение длины слова ожидаемо приводит к увеличению числа находок.