Классификация белков (EC)

Информация о белке

Катализируемая реакция:
высокомолекулярный кининоген -> брадикинин

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

C помощью SRS был проведён поиск ферментов человека, которые относятся к тому же классу, подклассу и т. д., что и рассматриваемый фермент EC=3.4.21.25. Результаты приведены ниже в таблице.
3.* 3.4.* 3.4.21.* 3.4.21.35
1645 542 121 1

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

С помощью UniProt был получен список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс EC совпадает с таковым исследуемого фермента. Последовательности выборки белков: Fasta.
Таких белков нашлось 1722
У из 583 них совпадает с интересующим человеческим белком подкласс по EC (второе число);
У 153 — также и третье;
У 12 — вся классификация.
С помощью программы blastp осуществлялся поиск гомологов белка P06870 среди белков мыши, в качестве базы последовательностей использовался приведённый выше файл.
Запрос:

BLAST\\blastp.exe -task blastp -db blastdb.fasta -query kallikrein.fasta -out kallikrein.out -outfmt \"6 qseqid sseqid evalue\" -evalue 1
Список результатов можно найти в этом файле .xls или на рис.1.


Рис.1 Результаты blastp человеческого калликреина 1
против всех известных гидролаз из мыши.

Несмотря на низкий порог, программа выдала всего 11 результатов. Примечательно, что у всех них хорошее e-value; у 10 белков полностью совпадает EC, у одной находки с точностью до третьей цифры, а ещё два мышиных белка с идентичным запросу EC вообще не обнаруживаются среди найденных blastp гомологов.
Таким образом,
  1. В случае человеческого тканевого калликреина 1 EC-номер сохраняется у близких гомологов с высокой точностью, что может свидетельствовать о катализе ими одной и той же реакции.
  2. Однако, фермент, выполняющий немного иную функцию, может быть даже более близким гомологом по последовательности, чем функциональные аналоги, катализирующие идентичную реакцию.