Учебный сайт Смирновой Виктории

Главная Проекты Семестры


Выравнивание последовательностей.


1. Определение положения фрагмента в полной последовательности.
Заданный фрагмент соответствует позициям 158-172 в полной последовательности белка GLUQ_Ecoli:


2. Построение "наилучшего" выравнивания вручную.


3. Поиск первой с N-конца выравнивания "близкородственной" замены а.о. Будем считать близкородственными заменами те, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно. Обе аминокислоты, участвующие в рассматриваемой замене - алифатические, друг от друга отличаются всего на одну -CH2- группу, т. е. их влияние на вторичную структуру белка не должно сильно отличаться.

Ссылки на файлы с выравниванием: alignment1.msf, alignment2.msf.


Дополнительные задания.

1. Определение % сходства выровненных фрагментов.
Процентом сходства будем считать отношение числа колонок со сходными буквами к общему числу, умноженное на 100%. Сходными буквами будем считать такие, для которых значение элемента матрицы BLOSUM62 положительно. Сходные буквы (кроме автоматически выделенных программой GeneDoc): нет. Значит, % сходства: 15/20*100 = 75%

2. Иное выравнивание 2-х заданных фрагментов с весом не хуже, чем получилось в обязательном упр.2.
Все близкородственные замены, кроме уже составленных, расположены далеко друг от друга, и сдвиг в их сторону нарушает множество других замен и совпадений, поэтому вес получается гораздо ниже. Сдвиг гэпов так же приводит к снижению веса выравнивания. Пример другого, "плохого" выравнивания:

Здесь гораздо меньше совпадений, зато остались только концевые гэпы, которые не штрафуются. Тогда вес: W = M - nG = 10 - 0*2 = 10.

3. Получение с помощью функций Excel из матрицы BLOSUM списка замен.
В приложенном файле показана работа формул на примере выравнивания, выполненного в обязательном задании №2.
Файл blosum62.xls


© Smirnova Victoriya, 2008