Учебный сайт Смирновой Виктории

1. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков.
   Пространственное наложение структур двух белков (PDB файл)
   
   
   На основе этого наложение было выполнено выравнивание двух последовательностей:
   
   Мое выравнивание в формате msf.
   
   
   
2. Сравнение моего выравнивания с полученным с помощью needle.
   Выравнивание, полученное с помощью needle (файл msf):
   
   
   Первые половины выравниваний довольно похожи: можно заметить одинаковые совпадающие или сходные участки, хотя есть и участки, присутствующие только в одном из выравниваний. В выравнивании needle выделенных (схожих/идентичных) фрагментов больше, что говорит о том, что эти совпадения либо случайны, либо различия в других участках привели к такому различию в форме молекулы, что гомологичные участки разошлись в пространстве.
   Вторую часть последовательностей программа needle выровняла совсем иначе, чем я: нет ни одного совпадающего идентичного/сходного участка: в выравнивании needle оказалось больше длинных пропусков, но вес за счет случайных совпадений оказался больше, чем в реальном выравнивании, построенном на основе пространственного наложения.
   То есть, как и следовало ожидать, выравнивание с большим весом не оказалось правильнее - случайные совпадения менее весомый аргумент в пользу гомологичности белков, чем высокое сходство пространственного строения.