Учебный сайт Смирновой Виктории

Главная Проекты Семестры


Исследование ДНК-белковых взаимодействий в структуре комплекса 39 kDa initiator binding protein и Ferredoxin Inr.


  1. Краткое описание структуры в файле 1PP7.pdb

    2. С сайта PDB я скачала файл 1PP7.PDB,в котором приведены координаты атомов следующих молекул: Для исследования были выбраны U цепь белка и цепи E, F, представляющие ДНК со следующей последовательностью:
    	F 5' [15] CAAGTGAAGTAAC [3]  3'
	          | |||||| | |
	E 3' [25] GGTTACTTCACTT [37] 5'
    Картинка ДНК-белкового комплекса:

  2. Функции белка, структура которого представлена в файле 1PP7.pdb

    3. В соответствующем документе UniProt, можно найти описание функций (и особенностей) белка:
    Код доступа ("Accession number") Q95VR4
    Идентификатор записи в БД Q95VR4_TRIVA
    Название (краткое описание) белка 39 kDa initiator binding protein
    EC=6.1.1.-;
    Длина: 341 AA
    Организм: Trichomonas vaginalis
    Идентификаторы записей PDB 1PP7; 1PP8; 1Q87; 1Q88; 1Q89
    Примечания: Статус белка в базе: Unreviewed

  3. Исследование структуры ДНК

    4. С помощью программ find_pair и analyze (выходной файл) определен тип формы ДНК: правозакрученная B-ДНК. Так же с помощью Excel были определены средние значения торсионных углов для внутренних нуклеотидов (для всех, кроме краевых) и номер самого "деформированного" нуклеотида (с самой большой суммой модулей торсионных углов) - С34 на цепи Е (файл (torsion_DNA.xls) с рассчетами).

    Самый "кривой" нуклеотид с виду не радикально отличается от остальных, не близок к белку, чем можно было бы объяснить искривление.

  4. Исследование природы ДНК-белковых контактов

    5. Скрипт my_dna.def

    Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1PP7.pdb

    Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
          остатками 2'-дезоксирибозы 2 22 24
          остатками фосфорной кислоты 4 11 15
          остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 1 - 1
          остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки - 5 5
    Из таблицы видно, что больше всего - неполярнх контактов белка с сахарофосфатным остовом ДНК. Это вполне закономерный результаты: остовные атомы находятся на поверхности молекулы ДНК, а большее количество неполярных контактов объясняется тем, что в белке вообще больше неполярных атомов, и тем, что расстояние для неполярного контакта может быть больше, что приводит к большей вероятности такого контакта.
    Остатки азотистых оснований находятся внутри молекулы, что делает их труднодоступными для контактов. Немного больше контактов у атомов, обращенных в сторону маленькой бороздки - это связано либо с тем, что маленькая бороздка мельче, а значит, атомы в ней расположены ближе к поверхности, либо просто со статистическими погрешностями - случайным преобладанием таких контактов (участок ДНК для анализа очень небольшой).

  5. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

    6. С помощью команды nucplot 1PP7.PDB был получен файл в формате .ps, который был переведен в картинку JPEG:


  6. Возможный(е) распознающий(е) контакт(ы)


    7. Одним из наиболее вероятных распознающих контактов мне кажется контакт Asn81 и С33 (на рисунке выше). Во-первых, на популярной схеме контактов помечено, что между аспарагином и цистеином более одного контакта, во-вторых, это один из небольшого числа прямых контактов между аминокислотным остатком и остатком азотистого основания (что придает большую специфичность контакту, чем контакт с остовными атомами). Также на изображении RasMol видно, что спираль, из которой "торчит" Asn81 практически лежит в бороздке, что создает специфичность контакта на уровне формы третичной структуры молекул. Изображение контакта:

  7. Характеристика ДНК-связывающего домена Q95VR4_TRIVA

    8. С помощью инструментов Pfam определила доменную структуру белка из исследуемого комплекса:
    Transcription-initiator DNA-binding domain IBD

    (Не найден в InterPro)
© Smirnova Victoriya, 2009