Учебный сайт Смирновой Виктории

Построить выравнивание заданного белка ARPB_PSEPU и белка-прототипа MEXB_PSEAE с разметкой трансмембранных сегментов.

Сравнить нумерацию остатков белка-прототипа в UniProt и PDB

Файл msf с выравниванием последовательности по данным UniProt и PDB (PDB ID: 2V50).
Нумерация не совпадает, т. к. не полностью совпадают последовательности. Правило перевода нумерации PDB (N1) в нумерацию UniProt (N2):

N2=N1+3, N1<497
N2=N1+15, 496

 
Постройте полное глобальное выравнивание заданного белка и белка-прототипа.
C помощью needle было получено глобальное выравнивание белков ARPB_PSEPU и MEXB_PSEAE.

Выходной файл aln.needle

Создать по данным БД ОРМ разметку трансмембранных сегментов в белке-прототипе. 
По данным БД ОРМ,
по PDB ID 2V50 было найдено описание ТМ-сегментов в белке-прототипе. 


Под строчкой с выровненной
последовательностью белка-прототипа в выравнивании из задания 1.2 в GeneDoc добавлена строчка (OPM) с разметкой трансмембранных сегментов.

файл mark.msf

картинка из GeneDoc с раскрашенными доменами.

Легенда:

-, раскрашено голубым.............цитоплазматические петли

H, раскрашено зеленым.............трансмембранные домены

+, раскрашено розовым.............внеклеточные петли




Предсказать топологию заданного белка с помощью наиболее популярной программы (TMHMM)
  
Страница с результатом предсказания. 
 
Эти результаты так же отображены в файле msf, ссылка на который дана в предыдущем задании (последовательность "TMHMM", обозначения те же).

Сравните полученное предсказание с данными ОРМ.

Скрипт был написан на Perl.

Результаты предсказания топологии мембранного белка ARPB_PSEPU

	Число а.к. остатков
Всего а.к. остатков	1050
Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего)	248
Правильно предсказали (true positives, TP)	188
Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP)	51
Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN)	775
Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN)	36
Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)	0.839
Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)	0.938
Точность(precision) = TP /(TP+FP)	0.787
Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP)	0.213
Недопредсказание = FN / (TN+FN)	0.044

Из таблицы видно, что у метода хорошие показатели специфичности и чувствительности, то низковата точность и достаточно большое сверхпредсказание. Предсказано 11 трансмембранных спиралей, в то время как на самом деле у белка их 12. Из-за этого ориентация части белка (~1-390) предсказана правильно, но непредсказанная 4-ая ТМ-спираль (394- 411) "инвертировала" всю оставшуюся часть белка относительно мембраны.