Учебный сайт Смирновой Виктории

1. Исследование доменной структуры конкретного белка

   1. 
      

      Доменная структура белка AMN_ECOLI по данным Pfam

      Cхема из Pfam:
      Пояснения к схеме
      №	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства домена	Положение в последовательности белка AMN_ECOLI	Клан
      1.	PF10423	AMNp_N	N-концевой домен бактериальной АМФ-фосфорилазы	11-172	-
      2.	PF01048	PNP_UDP_1	Суперсемейство фосфорилаз	229-452	PUP (CL0408), содержит два домена - данный и NUP (пермеаза (осуществляет трансмембранный транспорт) пуриновых нуклеозидов)

   2. Экспортированное в формате msf выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена заданного белка:

      скачать.

   3. Сравнение описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД

      В БД InterPro для AMN_ECOLI найдено описание всех подписей (signatures) , интегрированных в InterPro, т.е. имеющих InterPro ID. Наиболее отличается от подписей PFAM TIGRFAMs, т. к. по данным этой подписи белок (ID в InterPro IPR011271) не разбивается на два домена, а содержит один домен (10 - 484) АМФ нуклеозидазу.
      
      
      

   4. Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного белка

      Через UniProt был скачан PDB-файл (PDB ID: 1T8R, нумерация совпадает с UniProt) с 3D-структурой белка (в Pfam не оказалось структуры), с помощью RasMol создано его изображение.
      
      
      
      N-концевой домен показан красным, С-концевой - синим. Видно, что домены разделены в пространстве, но не являются отдельными компактными частями общей структуры, не имеют характерной формы? особенно "синий" домен - в него внедряются недоменные структуры. "Красный" N-концевой домен обособлен больше.
      

2. Исследование эволюции отдельных доменов

1. Опишите, как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка

   Домен AMNp_N (PF10423) встречается в белках 173 видов.
   Домен PNP_UDP_1 (PF01048) встречается в белках 990 видов.
   
   

   Представленность домена PF10423 в организмах разных видов

   Таксон		Количество белков с доменом PF01048
   Эукариоты	Зеленые растения	88
   	Грибы	416
   	Животные	240
   	Остальные эукариоты	539
   Бактерии		4515
   Археи		158

2. Определите, в скольких разных белках Escherichia coli K12 встречаются домены, представленные в заданном белке

   Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

   №	PFAM ID	Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
   1.	PF10423	1
   2.	PF01048	5

   
   
   В Escherichia coli (strain K12) данную доменную организацию имеет только мой белок (AMN_ECOLI). Домена AMNp_N в других белках этой бактерии нет вообще, домен PNP_UDP_1 встречается еще в 4-х белках, одиночно (не сочетается с другими доменами).

3. Приведите не менее 3-х примеров разных доменных перестроек

   Варианты для AMNp_N (PF10423) (всего 3 доменных структуры, включая структуру моего белка):
   
   Такое же, как и в моем белке, сочетание + небольшой неизвестный домен: B0GHV6_YERPE
   
   
   Фрагмент домена: B3IQH0_ECOLX
   
   
   
   Варианты для PNP_UDP_1 (PF01048) (всего 90 вариантов):
   
   Одиночный, без других доменов: BSPA_POPDE
   
   
   С N-конца (в моем белке - с С-конца): C2YST7_BACCE
   
   
   Домен в сочетании с его же фрагментом: C4QLI3_SCHMA