Учебный сайт Смирновой Виктории

Главная Проекты Семестры


Филогенетические деревья. Занятие 3.


  1. Укоренение в среднюю точку

    Скобочная формула дерева, построенного при выполнении задания предыдущего занятия методом neighbor-joining, укорененного в среднюю точку с помощью программы retree:
       ((RHIEC:0.25253,RALPJ:0.18313):0.00885,((PROMH:0.06152,(SALTY:0.02692,
(ERWCT:0.02172,YERPS:0.02002):0.01086):0.01014):0.01769,VIBFM:0.07764):0.18216);
    Изображение этого дерева:

    Для сравнения - изображения правильного (слева) и построенного методом neighbor-joining неукорененнного (справа) деревьев:

    Укоренение произошло в ветвь {RHIEC, RALPJ}. Кроме отличий в ветвях, возникших как следствие таких же отличий между исходным деревом и деревом, построенном методом neighbor-joining, укорененное программой дерево отличается от настоящего местом укоренения: настоящее укоренено в тривиальную ветвь {RHIEC}.

    Укоренять в среднюю точку деревья, построенные методом максимальной бережливости, нельзя, так как этот метод дает деревья с равными ветвями - не принимает на вход матрицу расстояний и не учитывает молекулярных часов.

    Делать это с деревом, построенным методом UPGMA, бессмысленно, т. к. оно уже укоренено (предполагает наличие молекулярных часов), причем за счет ультраметричности укоренение происходит как раз в среднюю точку.

  2. Использование аутгруппы

    3. Программой fprotpars было реконструировано (после обработки retree) укоренённое дерево отобранных вами бактерий, используя то же семейство белков, что и в предыдущем задании, а в качестве аутгруппы — белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).
    Скобочная формула: 
    (BACSU,((RHIEC,((((YERPS,ERWCT),SALTY),PROMH),VIBFM)),RALPJ));

    Изображение этого дерева:

    На этот раз укоренение произошло в ту же точку, что и у настоящего дерева, но, как и раньше, fprotpars неверно реконструировала часть ветвей.

  3. Бутстрэп

    4. Результаты бутстрэп-анализа филогении с использованием программы fprotpars. Дерево из выходного файла программы fconsense: 
      +-----------------------------------RALPJ
  |
  |                            +------YERPS
  |                     +-58.7-|
  |              +-73.5-|      +------ERWCT
  |              |      |
  |      +-100.0-|      +-------------SALTY
  |      |       |
  |      |       |             +------PROMH
  +------|       +--------52.0-|
         |                     +------VIBFM
         |
         +----------------------------RHIEC
    Ветви полученного дерева:
    1) {RHIEC, RALPJ} против {VIBFM, PROMH, YERPS, ERWCT, SALTY} +
    2) {RHIEC, RALPJ, VIBFM, PROMH} против {YERPS, ERWCT, SALTY} +
    3) {RHIEC, RALPJ, VIBFM, PROMH, SALTY} против {ERWCT, YERPS} -
    4) {RHIEC, RALPJ, ERWCT, SALTY, YERPS} против {VIBFM, PROMH} -
    + правильные ветви. Нет ветвей {RHIEC, RALPJ, VIBFM,} против {PROMH, YERPS, ERWCT, SALTY} и {RHIEC, RALPJ, VIBFM, PROMH, YERPS} против {ERWCT, SALTY}, которые есть в правильном дереве.

    Ветви правильного дерева:
    1) {RHIEC, RALPJ} против {VIBFM, PROMH, YERPS, ERWCT, SALTY}
    2) {RHIEC, RALPJ, VIBFM,} против {PROMH, YERPS, ERWCT, SALTY}
    3) {RHIEC, RALPJ, VIBFM, PROMH} против {YERPS, ERWCT, SALTY}
    4) {RHIEC, RALPJ, VIBFM, PROMH, YERPS} против {ERWCT, SALTY}

    Ветви, получившие меньшую поддержку:
    {YERPS, ERWCT, SALTY, PROMH}    43.67 + 
    
{ERWCT, SALTY}                  27.50 + 
    
{SALTY, PROMH}                  18.50 - 
    
{ERWCT, SALTY, PROMH}           15.50 - 
    
{SALTY, PROMH, VIBFM}           3.33 - 
    
{YERPS, SALTY, PROMH, VIBFM}    2.00 - 
    
{YERPS, ERWCT, PROMH, VIBFM}    2.00 - 
    
{YERPS, ERWCT, SALTY, VIBFM}    1.50 - 
    
{YERPS, ERWCT, VIBFM}           1.00 - 
    
{YERPS, VIBFM}                  0.50 - 
    
{YERPS, SALTY, PROMH}           0.33 -
    Знаком '+' отмечены ветви, которые есть в правильном дереве.

    Т. е. полученное дерево по топологии сильно отличается от настоящего.

© Smirnova Victoriya, 2009