Учебный сайт Смирновой Виктории

1. Элементы вторичной структуры, найденные DSSP.

   В структуре 1NZJ всего одна цепь, в которой с помошью DSSP были выделены следующие элементы вторичной структуры (файл 1NZJ.dssp):
   • 9 альфа-спиралей
   • 10 участков, входящих в 5 бета-листов
   
   В полях HELIX и SHEET записи PDB выделено:
   • 13 альфа-спиралей (в DSSP крайние по данным PDB-файла остатки не включаются в структуры, нет спиралей 48-52, 261-265, 279-283; вместо двух спиралей 193-196 и 197-209 - спираль 195-208.
   • 12 отрезков цепей, которые складываются в 5 бета-листов (в DSSP несколько отличается распределение по листам, 2 участка (220-221 и 288-289) не отмечены, как бета-структуры).
     

2. Остатки, имеющие положительное значение угла phi: Thr 4, Gln 37, Gly 55, Gly 68, Gly 73, Gly 96, Gly 112, Gly 117, His 123, Asn 128, Gly 148, Gly 168, Gly 184, Gly 209, Asn 223, Ala 237, Gly 255.
   
   Изображение структуры в ленточной модели. Красным выделены бета-тяжи, синим - альфа-спирали, малиновым - остатки с положительными значениями phi.
   
   

3. Программа HBPlus.

   Выходной файл программы: 1nzj.hb2
   Примеры водородных связей:
   • участвующих в стабилизации вторичной структуры (бета-лист) - Ile150 и Phe142, между остовными N и O:
     
   • между боковыми цепями аминокислотных остатков - Arg9 (NH2) и Asp180 (OD2):
     
   • между боковой цепью одного остатка и остовным атомом другого- Leu146 (N) - Asp144 (OD1):
     
   • Водяные мостики - Glu196 (OE1) - HOH307 - Asp153 (O):