Учебный сайт Смирновой Виктории

Главная Проекты Семестры


PyMOL.


  1. Запись 1KMY банка PDB.

    При работе с файлом 1KMY.pdb через PyMOL был определен ион, присутствующий в структуре - железо (FE). Команда show sticks, byres symbol FE around 3.5 позволила показать только остатки, связанные с ионом координационными связями: His 210, His 146, Glu 260 и Bpy 300 (Бифенил-2,3-диол).
    Изображение иона и этих остатков:

    • Треонины в записи 5RXN банка PDB.

      Информация о структуре:
      Год расшифровки: 1984
      Разрешение: 1.20 A

      Доп. информация (поле REMARK): -
      В треонине есть хиральный атом СB, обладающий четырьмя различными заместителями - -H, -OH, -CH3 и -CH(COOH)NH2.
      В данной структуре 3 остатка треонина - 5, 7 и 28. Два из них имеют R-конфигурацию, один - S:
      ОстатокИзображениеКонфигурация
      Thr 5S
      Thr 7R
      Thr 28R


      Скорее всего отличающаяся конфигурация Thr 5 - ошибка РСА.

    • Участок цепи C с 75 по 100 остатки в записи 1GT0.

      Информация о структуре:
      Год расшифровки: 2002
      Разрешение: 2.6 A
      Доп. информация (поле REMARK): -

      В структуре отсутствуют остатки 78-97, причем в REMARK об этом не упоминается:

    • Остатки 136 цепи A и 167 цепи С в записи 1DLP.

      Информация о структуре:
      Год расшифровки: 1999
      Разрешение: 3.30 A
      Доп. информация (поле REMARK): Свойства и положение атомов CG, OD1, ND2 остатка Asn 136 (цепь А) и CB, CG, CD, NE, CZ, NH1, NH2 остатка Arg 167 (цепь С)ненадежны. Атом O остатка Arg 167 находится слишком близко к атому N Asp 169 (цепь С). Упоминаются и другие несостыковки, например, длина ковалентных связей.

      Из-за ошибок, о которых говорит содержимое поля REMARK, оба остатка в структуре имеют странные циклы:
      Asn 136Arg 167


      Обилие ошибок, видимо, связано с плохим разрешением (самое большое значение из рассматриваемых в задании).

    • Остатки с номерами 21 из четырёх идентичных цепей в записи 2B5A.

      Информация о структуре:
      Год расшифровки: 2005
      Разрешение: 1.54
      Доп. информация (поле REMARK): -

      Разрешение структуры высокое (1.54), поэтому РСА выявил альтернативное положение боковой цепи Gln 21 в цепи С:
      Gln 21 (цепь A)Gln 21 (цепь B)Gln 21 (цепь C)Gln 21 (цепь D)


    • Остатки с номерами 67 из четырёх идентичных цепей в записи 7GPB.

      Информация о структуре:
      Год расшифровки: 1990
      Разрешение: 2.90
      Доп. информация (поле REMARK): -

      Кольца триптофана обладают ароматическими свойствами, поэтому, как сопряженная пи-система, должны лежать в одной плоскости. Однако кольца Екз 67 на цепи D явно не лежат в одной плоскости. То же можно сказать и о Trp 67 на A и С, но там ошибка менее заметна.
      Trp 67 (цепь A)Trp 67 (цепь B)Trp 67 (цепь C)Trp 67 (цепь D)


  3. Cкрипт для PyMOL

    Для того, чтобы получить такую же картинку, как приведена в отчете для структуры 1GT0, можно воспользоваться скриптом 1GT0.pml. Текст скрипта:
    load 1GT0.pdb
bg_color white
hide all
show sticks, resi 75-100 and chain C
zoom visible
rotate y, 60
ray
png 1GT0_75_100.png

  4. Впечатления о PyMOL

    PyMOL понравился больше, чем RasMOL возможностями создания изображений в хорошем разрешении, вставки текста в командную строку. Больше можно сделать без использования командной строки.
    Однако неудобно было привыкать к другим командам, многие из которых кажутся менее логичными, чем в RasMol. Слишком большое количество опций отображения иногда только мешает.
    Еще один недостаток - с официального сайта нелья бесплатно скачать программу=)

© Smirnova Victoriya, 2009