Учебный сайт Смирновой Виктории

Главная Проекты Семестры


SCOP и CATH


  1. Классификация доменов согласно SCOP

    В моем белке 1NZJ 1 домен по данным SCOP (вся цепь A):

    Protein: Glutamyl-Q tRNA-Asp synthetase YadB from Escherichia coli
    1. Class: Alpha and beta proteins (a/b) [51349]
      Mainly parallel beta sheets (beta-alpha-beta units)
      Альфа и бета белки, в основном параллельные бета-листы
    2. Fold: Adenine nucleotide alpha hydrolase-like [52373]
      core: 3 layers, a/b/a ; parallel beta-sheet of 5 strands, order 32145
      Укладка "Аденин нуклеотид альфа-гидролаза подобная", такую укладку имеют 3 суперсемейства
    3. Superfamily: Nucleotidylyl transferase [52374]
      Суперсемейство: Нуклеотидил трансферазы (включает 5 семейств)
    4. Family: Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain [52375]
      contains a conserved all-alpha subdomain at the C-terminal extension
      Семейство: I аминоацил тРНК-синтетазы, каталитический домен


    В моем белке больше нет доменов, поэтому для описания я взяла белок с PDB ID 1Z3E. По данным SCOP он содержит два домена:

    Protein: C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit from Bacillus subtilis (участок цепи b:245-311)
    1. Class: All alpha proteins[46456]
      Класс: все альфа белки
    2. Fold: SAM domain-like[47768]
      4-5 helices; bundle of two orthogonally packed alpha-hairpins; involved in the interactions with DNA and proteins
      Укладка: SAM-домен подобная, 4-5 спиралей, узел из двух ортогональных "альфа-шпилек" (16 суперсемейств имеют такую укладку)
    3. Superfamily: C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit[47789]
      contains one classic and one pseudo HhH motifs
      Суперсемейство: С-концевой домен РНК-полимеразы, альфа-субъединица (содержит 1 семейство)
    4. Family: C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit [47790]


    Protein: Regulatory protein Spx from Bacillus subtilis (участок цепи a:1-114)
    1. Class: Alpha and beta proteins (a/b) [51349]
      Mainly parallel beta sheets (beta-alpha-beta units)
      Альфа и бета белки, в основном параллельные бета-листы
    2. Fold: Thioredoxin fold [52832]
      core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 4 strands, order 4312; strand 3 is antiparallel to the rest
      Укладка: "Тиредоксиновая" (такую укладку имеют 2 суперсемейства
    3. Superfamily: Thioredoxin-like [52833]
      Суперсемейство: тиредоксин-подобные
    4. Family:ArsC-like [69518]
      Pfam 03960


  2. Классификация доменов согласно CATH.

    CATH, в отличие от SCOP, выделяет в моем белке 1NZJ два домена:

    Однако оба домена еще не классифицированы (CATH пишет "This domain is in the HOMCHECK_REVIEW flow stage and therefore has not yet been assigned to a homologous superfamily in CATH.")

    В белке 1Z3E домены выделены так же, как в SCOP (но классификация для одного из них так же недоступна):
    Домен 1: цепь A, остатки 0-118


    Домен 2: цепь B, остатки 245-311. CATH Code: 1.10.150.20.2.1.1.1.1

      Классификация:
    1. Класс: 1 Mainly Alpha
    2. Архитектура: 1.10 Orthogonal Bundle
    3. Топология: 1.10.150 DNA polymerase; domain 1 (23 суперсемейства)
    4. Суперсемейство: 1.10.150.20 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain (25 семейств)

    Остальные уровни классификации имеют только номер.

  3. Отличия SCOP и CATH.

    Мне попались домены, описанные в SCOP, но не классифицированные в CATH.
    Сравним данные по SCOP и CATH для С-концевого домена 1Z3E b:245-311, который классифицирован в обеих базах.
    • Класс - в обеих базах альфа белки.
    • Архитектура - только в CATH
    • Укладка - ортогональный узел по обеим базам
    • Суперсемейство - С-концевой домен; РНК-полимеразы по SCOP, экзонуклеазы - по CATH.
    • границы в цепи - совпадают

  4. Выравнивание доменов из одной топологии.

    Топология (по CATH) Porin, два домена из разных суперсемейств:
    1. Класс: 3 Alpha Beta
    2. Архитектура: 3.30 2-Layer Sandwich
    3. Топология: 3.30.70 Alpha-Beta Plaits

    4. Суперсемейство: 3.30.70.1110 CheY-binding domain of CheA. Chain A
    5. 3.30.70.1110.1.1.1.1.1
    6. PDB ID 1u0s chain A 175-260


    1. Суперсемейство: 3.30.70.1230 Adenylyl Cyclase, chain A
    2. 3.30.70.1230.1.1.1.1.1
    3. PDB ID 1fx2 chain A 888-1122
Структурное выравнивание доменов из 1FX2 и 1U0S.
По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдено геометрическое ядро с порогом 2 A:
Pos. 1FX2_A 1U0S_A
14 THR901 LYS177
15 LEU902 THR178
16 ILE903 PHE179
17 PHE904 TYR180
18 THR905 ILE181
43 ARG930 TYR197
46 ARG933 PHE200
47 SER934 HIS201
50 GLY937 GLU204
51 ARG938 GLU205
52 TYR939 LEU206
53 LYS940 LYS207
54 CYS941 CYS208
55 TYR942 GLU209
56 GLU943 VAL210
57 VAL944 VAL211
58 LYS945 ARG212
59 THR946 THR213
60 VAL947 ILE214
75 ASP949 VAL229
76 SER950 GLU230
77 PHE951 LEU231
78 MET952 PHE232
79 ILE953 VAL233
80 ALA954 ILE234
93 GLU967 ALA245
94 LEU968 LEU246
101 HIS975 ALA250
147 ARG1020 ARG254
149 ARG1022 ILE256
150 VAL1023 ILE257
151 GLY1024 LYS258
152 ILE1025 GLU259


Скрипт для PyMOL.
Полученное в PyMOL изображение наложения геометрического ядра:

Видно, что у доменов из одной топологии действительно есть очень похожие элементы.

© Smirnova Victoriya, 2010