Учебный сайт Смирновой Виктории

1. Информация о записи 1MNM.pdb

   По полю COMPND в записи описаны следующие цепи:
   • цепи F и E - ДНК STE6 оператор
   • цепи A, B - белок MCM1 регулятор транскрипции
   • цепи С и D - белок MAT альфа-2 репрессор транскрипции

2. Водородные связи цепи D

   На изображениях: цепь A - бирюзовая, B - зеленая, С - голубая, D - темно-синяя, E и F - серые.
   В остовной модели "cartoon":
   
   
   В остовной модели "ribbon":
   
   
   В остовной модели "cartoon"; в проволочной (lines) модели – все (аминокислотные и нуклеотидные) остатки, связанные водородными связями с цепью D, и все остатки цепи D, связанные с другими цепями (задействованные в водородных связях атомы азота и кислорода обозначены шариками и раскрашены в синий и красный соответственно):
   
   
   Отдельно связанные водородными цепями остатки:
   
   
   Из картинок видно, что в пределах ассиметрической единицы цепь D связана с цепями A и F не очень большим числом водородных связей (больше с ДНК, в двух местах - с белком) .
   
   

3. Связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы.

   Цепь D и ее связи с цепями ДНК из своей и соседних кристаллографических ячеек:
   
   
   Видно, что ДНК в соседней ячейке "продолжает" ДНК из той же ячейки, и белковая цепь D связывается с обеими цепями в равной мере.
   
   
   Цепь D так же связывается с цепями С из соседних кристаллографических ячеек, хотя в своей ячейке она с ними не связана:
   
   
   Особенно характерно выглядит связь с одной из них, где образуется общий для D и С из соседней ячейки бета-слой:
   
   
   

4. Цепи С и D - один и тот же белок, но вторичная структура их несколько различается.
   У обеих цепей есть один и тот же мотив из трех альфа-спиралей, взаимодействующий с ДНК:
   
   
   Однако в начале цепи белки складываются по-разному: бета-тяж и альфа-спираль в цепи D и два бета-тяжа, образующих антипараллельный бета-лист в цепи С. Этой частью белки взаимодействуют с различными цепями белка MCM1.
   

   Цепь C и B	Цепь D и A