Учебный сайт Смирновой Виктории

1. Электронная плотность Glu 21 в структуре 2B5A.

   Для структуры 2B5A через EDS (http://eds.bmc.uu.se/eds/) был получен файл с электронной плотностью (2b5a_dens.omap ).
   В структуре Glu 21 цепи С имеет две конформации. На картинке поверхность области с плотностью 1.5 показана желтым, с плотностью 0.5 - белым:
   
   
   Для Glu 21 цепи B (1 конформация):
   
   
   

2. Электронная плотность Arg 36 в структуре 1NZJ.

   Для структуры 1NZJ через EDS (http://eds.bmc.uu.se/eds/) был получен файл с электронной плотностью (1nzj_dens.omap ).
   На картинках поверхность уровней электронной плотности раскрашена тем ярче, чем больше электронная плотность:
   Шаг 0.5:
   
   
   Шаг 1:
   
   
   Только для плотности 2.5 - хорошо видно, как максимальная плотность стянута к электроотрицательным атомам (N и O), и как она равномерно распределена между азотами боковой цепи:
   
   Заметно, что по остовным атомам электронная плотность распределена также равномерно.
   
   Из обоих заданий видно, что чем больше указываемое значение, т. е. чем больше электронная плотность, тем меньше отображаемая плотность, тем меньше она сдвигается к наиболее электроотрицательным атомам.