Поверхности контакта для димера пуриновых репрессоров 2PUC
а) Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера:
б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;
в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
- площадь контакта мономеров белка
Через сервис
PROTORP,
была найдена площадь контакта мономеров белка из структуры 2PUC - 2539.86 Å2. На гидрофобные
взаимодействия приходится 41.27%
Выдача сервиса:
Protein Interface Parameter Value Interface Residue Segments 13 Interface Accessible Surface Area (Å2) 2539.86 % Interface Accessible Surface Area 15.03 Atoms in Interface 212 % Polar Atoms Contribution to Interface 40.58 % Non-Polar Atoms Contribution to Interface 43.49 % Neutral Atoms Contribution to Interface 15.13 Residues in Interface 63 % Polar Residues in Interface 30.16 % Non-Polar Residues in Interface 41.27 % Charged Residues in Interface 28.57 Residues on Surface 452 % Polar Residues on Surface 29.20 % Non-Polar Residues on Surface 37.61 % Charged Residues on Surface 33.19 Planarity (Å) 3.873 Eccentricity 0.891 Secondary Structure in Interface Alpha % Alpha Character in Interface 46.03 % Beta Character in Interface 14.29 Secondary Structure on Surface Alpha % Alpha Character on Surface 41.59 % Beta Character on Surface 8.41 Hydrogen Bonds 36 Salt Bridges 60 Disulphide Bonds 0 Bridging Water Molecules 0 Gap Volume (Å3) 10681.88 Gap Volume Index (Å) 2.10
Сервис CluD
Файл с выдачей сервиса в текстовом формате.
Изображение, построенное с помощью скрипта (разными цветами выделены атомы, принадлежащие к разным гидрофобным кластерам):
Определение доменной структуы (сервис pDomains)
а) одной из цепей белка 1NZJ
Domain Boundary Position Summary:Method Domain Id Fragment CATH 1NZJA1 4-80 , 219-289 1NZJA2 81-218 SCOP 1NZJA1 1-298 pdp 1NZJA1 4-80 , 219-289 1NZJA2 81-218 DHcL 1NZJA1 4-289 dp 1NZJA1 81-218 1NZJA2 4-80 , 219-289 DDomain 1NZJA1 4-289 NCBI 1NZJA1 1-80 , 232-298 1NZJA2 81-231 PUU 1NZJA1 1-273 Dodis 1NZJA1 61-189 1NZJA2 4-60 , 190-289
CATH, pdp, NCBI дали похожий результат. Раскраска по доменам (CATH):
б) цепь A белка 2PUC
Domain Boundary Position Summary:Method Domain Id Fragment CATH 2PUCA1 2-58 2PUCA2 59-160 , 291-322 2PUCA3 161-290 , 323-339 SCOP 2PUCA1 2-57 2PUCA2 58-339 pdp 2PUCA1 2-47 2PUCA2 48-141 2PUCA3 142-339 dp 2PUCA1 2-57 2PUCA2 58-155 2PUCA3 156-339 DDomain 2PUCA1 2-339 NCBI 2PUCA1 1-45 2PUCA2 58-160 , 293-340 2PUCA3 161-292 PUU 2PUCA1 1-45 2PUCA2 57-156 , 292-317 2PUCA3 157-291 , 318-338
Похожи результаты по CATH, pdp, dp, NCBI, PUU. Раскраска по доменам (pdp):
