Учебный сайт Смирновой Виктории

1. 
   Зона контакта лиганда с белком (запись 1LMP банка PDB):
   
   
   Углероды лиганда окрашены в cyan, контактирующие остатки изображены в виде sticks, показана их поверхность.
   
   Средствами Tcl/Tk интерфейса была проведена мутация в белке из структуры 1LMP, которая может привести к потере связывания с лигандом - замена Glu35, с которым было возможно электростатическое взаимодействие лиганда NDG, на Gly:

   Без мутации:	С мутацией:

   Структура с заменой: 1LMP_mut.pdb
   
   
   
2. Скрипт для анимационного ролика, где происходит совмещение белков и показывается место мутации: movie.pml Необходимы файлы ala_valentine.pdb и 1LMP_mut.pdb.
   
3. Поли-аланиновая последовательность в форме валентинки (1LMP.pdb), созданная через меню "build" PyMOL и изменение торсионных углов в режиме Editing:
   
   
   
4. Cкрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длиной 100 аминкислот: polyala.pml