Описание программ

bash

Bash (от англ. Bourne again shell, каламбур «Born again» shell — «Возрождённый» shell) — усовершенствованная и модернизированная вариация командной оболочки Bourne shell (ранняя командная оболочка UNIX). Одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX. Особенно популярна в среде Linux, где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки.
на данной странице будут опубликованы спецсимволы, а так же перечисление потоков и операторов перенаправления потоков с краткими объяснениями и примерами использования.

Спецсимвол	Его функция
>	перенаправление потока вывода
<	перенаправление потока ввода
?	параметр, который меняется на один любой символ
*	параметр, который меняется на любое количество символов (любых)
[]	параметр, который вызывает 1 любой символ из перечисленных в квадратных скобках. Например, если команда содержит [0-6], то за место квадратных скобок может стоять любая цифра от 0 до 6 (включительно)
{}	параметр, который указывает количество повторений предыдущего символа
;	разделение стороки на последовательно выполняемые команды, перечисленные через двоеточие
!	вызов ранее используемой команды
$	подстановка результатов выполнения команд
/	корень файловой системы
./	текущая директория
../	родительская директория
~/	домашняя директория

Стандартные потоки ввода/вывода в UNIX

Дескриптор	Название	Описание
0	stdin	стандартный ввод
1	stdout	стандартный вывод
2	stderr	стандартный вывод ошибок

Перенаправление потоков

Оператор	Описание
< file	Взять stdin из файла
> (или 1>) file	перенаправить stdout в файл
2> file	перенаправить stdeer в файл
>> (или 1>>) file	перенаправить stdout в конец файла
2>> file	перенаправить stdeer в конец файла
& > file	перенаправить stdout и stdeer в файл
& >> file	перенаправить stdout и stdeer в конец файла
\|command	перенаправить stdout на вход комманде command (в качестве команд могут использоваться такие команды как, например, wc и другие)

EMBOSS

EMBOSS (the European Molecular Biology Open Software Suite) - европейское открытое программное обеспечение по молекулярной биологии.
infoseq - это базовая программа пакета EMBOSS, функция которой отображение основной информации о последовательностях ("Function: Display basic information about sequences").

Параметры infoseq

Параметр

Значение по умолчанию

Пример команды

Описание и результат

-help

infoseq -help

выводит основную информацию о infoseq

-outfile

stdout

infoseq sw:PDAA_BACSU -outfile file

перенаправление результата в файл

-html

infoseq sw:PDAA_BACSU -html

выводит основную информацию о белке в виде html-таблицы.

USA	Database	Name	Accession	Type	Length	Organism	Description
sw-id:PDAA_BACSU	sw	PDAA_BACSU	O34928	P	263	Bacillus subtilis (strain 168)	Probable polysaccharide deacetylase PdaA (3.-.-.-) (Precursor)

-only

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -name

выводит только ту информацию, которую требует параметр после only. Name PDAA_BACSU

-heading

пример на не выведение заголовка: infoseq sw: PDAA_BACSU -noheading -only -accession

выводить заголовок. O34928

-usa

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -usa

выводит единый адрес последовательности. USA sw-id:PDAA_BACSU

-name

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -name

выводит информацию об имени. Name PDAA_BACSU

-accession

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -accession

выводит . Accession O34928

-gi

PDAA_BACSU -only -gi

выводит идентификатор в GenBank (если он есть). -

-length

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -length

выводит количесто а.о. в белке. Length 263

-orgamism

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -organism

выводит название организма, содержащего данный белок. Organism Bacillus subtilis (strain 168)

-type

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -type

выводит тип сиквенса. Type P

-columns

Пример на не разделение информации на отдельные колонки: infoseq sw:PDAA_BACSU -nocolumns

-database

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -database

выводит название базы данных, в которой находится информация о последовательности. Database sw

-description

infoseq sw:PDAA_BACSU -only -description

выводит описание белка. Description Probable polysaccharide deacetylase PdaA (3.-.-.-) (Precursor)

-no*

infoseq sw:PDAA_BACSU -noname -nodescription -noorganism

выводить всю информацию по умолчанию, как в примере, кроме имени, описания этого белка и организма содержащего его. USA Database Accession Type Length sw-id:PDAA_BACSU sw O34928 P 263