Работа с программой BLAST

Все задания производились на сервере NCBI.
1. Поиск белка по его последовательности.

Результаты поиска в Swissprot:

Порядковый номер белка в выдаче	Score	E-value
1	501 bits (1290)	8e-142

Результаты поиска в PDB:

Порядковый номер белка в выдаче	Score	E-value
1	501 bits (1290)	6e-143

Первым из найденных в PDB белков является FABI_ECOLI, т.е. тот же самый. Т.к. находится одна и та же последовательность, то очевидно, что совпадают такие значения, как позиции начала и конца выравнивания, процент совпадений (Identity), счет (Score). Различным является значение E-value. Следует отметить, что выданная последовательность белка не полностью совпадает с находящейся в базе данных, а именно – для выравнивания необходимо вставлять гэпы в позиции 140 и 162.

2. Поиск по гомологу Q36T29_MARHY

Порядковый номер белка в выдаче	Score	E-value	Начало, конец выравнивания в исходной/найденной последовательности	Процент сходства
3	327 bits (839)	2e-89	1 - 259	162/259 (62%)

Для первого белка в списке гомология с искомым составляет лишь 71%, а самого белка Q36T29_MARHY найдено не было вообще. Однако, если производить поиск в базе nr, данный белок там присутствует, находится в списке найденных на первом месте, гомология стопроцентная. Скорее всего, последовательность белка еще не была помещена в базу данных Swissprot.

3. Поиск по фрагменту последовательности

Порядковый номер белка в выдаче	Score	E-value	Начало, конец выравнивания в исходной/найденной последовательности	Процент сходства
1	29.6 bits (65)	2.0	1/111 – 23/136	16/26 (61%)

Всего было найдено 3 последовательности. Такое количество гомологов, очевидно, связано с небольшой длиной заданной для поиска последовательности.