Главная страница > Второй семестр

Программы выравнивания

Первые три задания производились на сервере NCBI.
1. Выравнивание последовательностей со схожей функцией.
Отличия в результатах выравниваний: при выравнивании с помощью программы water счет становится больше на единицу, а количество гэпов – меньше на единицу (586/587 и 3/2). Остальные значения (счет, процент сходства) остаются без изменений.
1to2.needle 1to2.water
1to2.water

2. Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки.
Аналогично заданию 1, различия наблюдаются только в количестве гэпов. Для программы needle количество гэпов – 23 из 26, для water – 3 из 26.
Программой matcher производится выравнивание отдельных фрагментов искусственной последовательности с соответствующими фрагментами последовательности белка, из которой она получена. Первый фрагмент соответствует последним 16 аминокислотам искусственной последовательности, для него наблюдается 81,2% сходства. Второй соответствует первым 11 аминокислотам, сходство стопроцентное. Третий фрагмент не имеет смысла (случайная последовательность)
1to3.needle 1to3.water 1to3.matcher
3.Параметры программ построения выравниваний.
Результаты первого и второго выравниваний различаются по . Третье выравнивание отличается по проценту сходства (Similarity), количеству гэпов и счету. Кроме того, третье выравнивание произведено немного другим образом (сначала 3 гэпа, потом 1 и еще 1 вместо 5 идущих подряд).
1to3_1_1.needle 1to3_5_1.needle 1to3_10_1.needle Различия в результатах выравниваний можно объяснить следующим образом.
1). Разный счет связан с разными значениями штрафа за гэп.
2). Если снижать штраф за открытие гэпа по сравнению со штрафом за его продолжение, то для достижения максимально возможного счета может становиться предпочтительнее выравнивание, где гэпы не идут непосредственно друг за другом, и увеличение счета за счет сходства аминокислот превышает его уменьшение за счет открытия гэпа.

4.Карта локального сходства.
Файлы dotmatcher:
с параметрами по умолчанию;
размер окна - 3, порог суммарного веса - 10;
размер окна - 8, порог суммарного веса - 4.

Как видно из полученных карт, количество обнаруженных совпадений увеличивается при увеличении размеров окна и при уменьшении порога на суммарный вес.