PSI-BLAST

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239)с помощью программы BLASTp

Заданные параметры:

учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) - нет (по умолчанию);
фильтр на области низкой сложности - есть (по умолчанию);
максимальное значение E-value - 10 (по умолчанию);
максимальное количество находок (Number of Descriptions ) - 1000.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5e-82	LGB1_LUPLU	100%	154
В бактериях (Bacteria)	36	1e-06	HMP_RHIME	29%	117
В Escherichia coli K-12	-	-	-	-	-
В животных (Metazoa)	26	2e-06	NGB_BRARE	25%	141
В человеке	3	5.8	CRNL1_HUMAN	28%	78

У кишечной палочки гомологов не найдено. У человека найдено три последовательности, степень сходства которых очень мала (т.е. их нельзя назвать гомологами LGB1_LUPLU).

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239)с помощью программы PSI-BLAST

Параметры те же, что и для программы BLASTp:

учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) - нет (по умолчанию);
фильтр на области низкой сложности - есть (по умолчанию);
максимальное значение E-value - 10 (по умолчанию);
максимальное количество находок (Number of Descriptions ) - 1000.

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
	Бактерии		Животные		Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	+	5	+	-	-	-	-	CRNL1_HUMAN	5.8	28%	78
2	38	+	332	+	HMP_ECOLI	1e-29	20%	148	NGB_HUMAN	2e-19	21%	143
3	38	-	879	+	HMP_ECOLI	6e-28	20%	148	NGB2_HUMAN	8e-45	18%	150
4	-	-	884	+	HMP_ECOLI	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-54	17%	154
5	-	-	884	-	HMP_ECOLI	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-54	17%	154

Выводы:

PSI-BLAST необходимо использовать для поиска далеких гомологов
Первая итерация производится по такому же принципу, что и поиск программой BLASTp.
В результате выполнения упражнения №2 были найдены далекие гомологи белка LGB1_LUPLU в различных таксонах, которые не были бы найдены программой BLAST.
На разных итерациях лучшие находки могли меняться. Могло также меняться E-value лучшей находки и процент идентичности. Это связано с тем, что поиск осуществляется с использованием профиля PSSM, составленного с помощью множественного выравнивания ранее найденных белков (соответственно для каждой новой итерации создается новый профиль).