Главная страница
А- и В-формы ДНК
1. Получение А и В-форм ДНК
После выполнения команд
fiber -a gatc_a.pdb
fiber -b gatc_a.pdb.
были получены следующие файлы (соответственно):
gatc_a.pdb
gatc_b.pdb
2-3. Характеристики спиралей
|
|
А-форма
|
В-форма
|
Файл dna45.pdb
|
| Тип спирали (правая или левая)
|
правая
|
правая
|
правая
|
| Шаг спирали (А)
|
28,028
|
33,750
|
27,085
|
| Число оснований на виток
|
12
|
11
|
11
|
| Ширина большой бороздки
|
16,96
|
17,21
|
15,391 (от фосфора урацила 9)
|
| Ширина малой бороздки
|
7,98
|
11,68
|
10,619 (от фосфора урацила 4)
|
Выше приведены результаты анализа А- и В-форм, а также ДНК из файла dna45.pdb.
При определении того, А- или В-форма ДНК представлена в данном файле, следует учитывать все рассмотренные факторы. Как видно, с В-формой данную ДНК объединяет количество оснований на виток (11) и ширина малой бороздки (как и разница между шириной большой и малой бороздок).
Но, скорее всего, эта ДНК все же относится к А-форме. Это определяется длиной шага спирали, а также данными визуального анализа:
- малая бороздка глубже большой
- при рассмотрении «с торца» в центре спирали заметна "полость"
- плоскости оснований не перпендикулярны оси спирали
4. Анализ структур ДНК программами find_pair и analyze
Были получены следующие данные:
для gatc-a.pdb:
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
2 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
7 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 C -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.0 -157.2
9 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
13 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
16 C -51.7 174.8 41.7 79.1 --- --- -157.2
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C -51.7 174.8 41.7 79.0 --- --- -157.2
2 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
7 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
9 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
13 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
16 G --- 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
Для gatc-b.pdb:
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
2 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
4 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
5 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
9 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
10 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
13 G -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
14 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
15 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
16 C -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0
2 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
4 G -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
5 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
9 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
10 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
13 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
14 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
15 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
16 G --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
Для dna45.pdb
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 U --- --- 64.9 84.7 -158.4 -73.3 -160.3
2 A -62.6 172.8 51.5 84.7 -152.5 -79.7 -166.0
3 C -59.3 167.3 53.4 86.9 -147.7 -82.4 -162.5
4 U -59.3 163.3 57.7 91.8 --- --- -155.3
5 A --- 153.1 -173.2 83.5 -170.0 -84.0 -147.7
6 C 158.8 -159.1 164.9 83.0 -114.8 -77.7 -151.1
7 G -57.7 145.5 71.1 74.8 -146.9 -85.1 -177.0
8 U -48.1 172.6 39.9 78.5 -147.7 -70.4 -161.2
9 A -57.7 170.0 47.9 79.7 -142.8 -79.2 -162.8
10 G -65.3 156.6 62.6 80.5 -146.4 -75.5 -170.0
11 U -62.6 168.4 54.8 81.8 -153.0 -73.7 -164.6
12 A -65.2 179.0 50.1 76.1 --- --- -157.0
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 A -64.6 178.2 49.3 77.1 --- --- -155.7
2 U -52.2 161.7 51.9 80.2 -152.4 -70.5 -159.7
3 G -61.1 167.6 50.9 80.2 -149.3 -76.6 -157.2
4 A -61.0 176.7 51.4 82.0 -151.8 -75.1 -156.0
5 U -68.2 166.8 60.1 79.0 -151.4 -70.3 -155.6
6 G -66.2 171.1 57.0 81.3 -142.8 -76.6 -167.3
7 C -92.0 172.3 78.7 78.8 -145.6 -86.2 -169.8
8 A --- -98.1 -74.1 92.5 -163.0 -60.7 -157.7
9 U -61.4 168.9 47.4 85.2 --- --- -160.8
10 C -54.5 161.1 53.1 84.9 -141.1 -84.0 -164.7
11 A -59.8 171.7 48.6 84.1 -147.6 -83.6 -161.7
12 U --- --- 55.3 82.3 -147.0 -76.6 -168.4
Таким образом, для двух цепей A- и В-форм значения торсионных углов совпадают, в то время как для dna45 их значения различны.
Более того, в отличие от А- и В-форм, различаются также значения торсионных углов для отдельных нуклеотидов. Значения соответствующих
торсионных углов у ДНК dna45 ближе к соответствующим углам в А-форме.
Также следует заметить, что в данных программы find_pair прямо указана форма ДНК (А-форма), что подтверждает сделанное ранее предположение.
5. Стопочные модели
С помощью команд
rotate_mol -b XXXX.pdb и pdb2img -с X.pdb X.ps были получены изображения стопочных моделей ДНК (А-, В-формы, dna45) сбоку и с торца.
