Банк EMBL

1. Сравнение разных записей в EMBL

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
M97219	не определен	STD	PRO	19 ноября 1992	Ген гомолога алкогольдегидрогеназы с короткой цепью (Escherichia coli), envM.	1366
X78733	геномная ДНК	STD	PRO	15 сентября 1994	Ген envM E.coli	1905
D90766	не определен	STD	PRO	21 декабря 1996	20 января 2006 запись заменена на AP009048.	4646332
D90767	не определен	STD	PRO	21 декабря 1996	20 января 2006 запись заменена на AP009048.	4646332
U00096	геномная ДНК	STD	PRO	23 февраля 2006	Escherichia coli K12 MG1655, полный геном.	4639675
AP009048	геномная ДНК	STD	PRO	22 января 2006	Escherichia coli W3110 DNA, полный геном.	4646332

В документе SwissProt были указаны только первые пять из данных шести записей. Шестая запись была получена при поиске в SRS (в банке EMBL записи D90766 и D90767 заменены на AP009048), ссылок на нее в документе SwissProt нет.

Таким образом, четыре из шести записей (D90766, D90767, U00096, AP009048) представляют собой информацию о полном геноме Escherichia coli, две (M97219, X78733) - о гене envM. Последние две записи и были выбраны для следующего задания.

Тип молекулы не определен для D90767, D90766 и M97219, в остальных случаях это геномная ДНК.
Все записи относятся к классу данных STD (стандартная форма данных), разделу EMBL PRO (прокариоты).

2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL.

Последовательности, кодирующие белок FABI_ECOLI в двух записях банка EMBL:

ID записи	M97219	X78733
Начало гена в записи	404	530
Конец гена в записи	1192	1318
Направление	прямое	прямое
Примечания	Замена в 680-й позиции глицина на серин приводит к возникновению у бактерии невосприимчивости к диазаборину. Замена в 1125-й позиции серина на фенилаланин приводит к возникновению ts-фенотипа.

Нуклеотидные последовательности M97219 и X78733 сохранены соответственно в файлах gene1 и gene2.
При сравнении последовательностей программой needle было обнаружено, что последовательности совпадают на 100%.

3. Знакомство с записью гена из эукариотического генома.

Всего в гене 20 экзонов.
Самый длинный интрон - 6522 пары оснований, самый короткий - 77 пар.
Самый длинный экзон - 1253 пары оснований, самый короткий - 7 пар.

Ген на прямой цепи
    --[1324964..1324971]--...--[ 1340537..1341790]--->  







©Сорочкина Александра