Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

1. Поиск нужного термина в словарях GO

Заданная локализация белка - митохондриальная цепь переноса электронов. Для того, чтобы найти соответствующий термин, запрос был задан как «mitochondrial chain» (т.к. в названии цепи возможны варианты – дыхательная цепь, цепь переноса электронов). Из полученных 9 результатов 7 являются описаниями отдельных комплексов цепи (здесь она называется respiratory chain – дыхательная), 1 – АТФ-синтазного комплекса и последний – собственно цепи переноса электронов (здесь она называется electron transport chain – цепь переноса электронов, то есть, единообразия в названии цепи нет и это действительно необходимо учитывать при составлении запроса). Последний термин и является искомым. Результаты следующие:

заданное описание локализации – митохондриальная цепь переноса электронов
выбранный термин GO и его идентификатор: mitochondrial electron transport chain, GO:0005746
название онтологии GO и его перевод на русский: cellular component – клеточный компонент
определение термина (в переводе на русский):
Белковый комплекс, формирующий митохондриальную систему транспорта электронов (дыхательную цепь). Комплексы I, III и IV могут осуществлять транспорт протонов, если погружены в ориентированную мембрану, такую как интактная внутренняя мембрана митохондрий.

2. Описание функции конкретного белка с помощью GOA

При поиске заданного белка (АС UniProt P0AEK4) в БД GOA были получены следующие результаты:

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	component	2	Мембраны и фракции мембран - фракция из клеток, полученная с помощью их разрыва биохимическими методами, включает в себя цитоплазму и другие мембраны. Этот термин относится к разрушенным клеткам и необязательно соответствует каким-либо специфическим структурам интактной клетки.
Зачем, для чего?	process	4	Процессы биосинтеза жирных кислот, метаболические процессы, процессы биосинтеза липидов, реакция на антибиотики
Молекулярный механизм?	function	2	Связывание с белками, оксидоредуктазная активность; редуктаза ненасыщенных жирных кислот, ассоциированных с белком-переносчиком (катализ реакции acyl-[acyl-carrier protein] + NAD+ = trans-2,3-dehydroacyl-[acyl-carrier protein] + NADH + H+)
Специфичность?	function		Ненасыщенные жирные кислоты, связанные с белком-переносчиком; NAD

3. Создание больших выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

	Количество записей	Запрос
Всего	28991	(([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	4471	(((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & [uniprot-DBxref_:GO]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:P:*]))
В том числе белки митохондриальной цепи переноса электронов	3	((((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & [uniprot-DBxref_:GO]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:P:])) & (((( [uniprot-DBxref_:mitochondrial] & [uniprot-DBxref_:electron] ) & [uniprot-DBxref_:transport] ) & [uniprot-DBxref_:chain]) \| [uniprot-DBxref_:mitochondrial electron transport chain])) ))
В том числе *только* с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	0
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	1	(((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & ([uniprot-DBxref_:IDA] \| [uniprot-DBxref_:TAS])) & ((((((([uniprot-DBxref_:GO] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:mitochondrial] & [uniprot-DBxref_:electron] ) & [uniprot-DBxref_:transport] ) & [uniprot-DBxref_:chain*]))

Как можно увидеть, всего представлено достаточно большое число белков Drosophila melanogaster (28991), и лишь чуть более шестой части из них обладают идентификаторами всех трех онтологий GO (белков с менее чем тремя идентификаторами онтологий гораздо больше – 16592). Среди них присутствует только 3 белка митохондриальной цепи переноса электронов (из которых только один обладает хотя бы одним хорошим доказательством функции) – очень мало по сравнению с общим количеством белков-переносчиков электронов. Таким образом, в основном белкам митохондриальной цепи переноса электронов Drosophila melanogaster даже не присвоены все идентификаторы онтологий GO (т.е. в UniProt они аннотированы плохо).