Header
Program needle
Rundate Sun Mar 25 2007 18:35:35
Align format srspair
Report file temp_job3.needlep
Results
 
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: SYY_ECOLI
# 2: SYY_METJA
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 351
# Identity:      62/351 (17.7%)
# Similarity:   113/351 (32.2%)
# Gaps:         128/351 (36.5%)
# Score: 88.5
# 
#
#=======================================

SYY_ECOLI          1 RLAQGPIALYCGFDPTADSLHLGHLVPLLCLKRFQQAGHKPVALVGGATG     50
                          ..:.|.||:|:. .:||||.:.:..:...|.||...:.|:.    
SYY_METJA          1 -----EKSAYIGFEPSG-KIHLGHYLQIKKMIDLQNAGFDIIILLA----     40

SYY_ECOLI         51 LIGDPSFKAAERKLNTEETVQEWVDKIRKQVAPFLDFDCGENSAIAANNY    100
                                 .|:.....:..:|:|||                     
SYY_METJA         41 ------------DLHAYLNQKGELDEIRK---------------------     57

SYY_ECOLI        101 DWFGNMNVLTF----LR---------DIGKHFSVNQMINKEAVKQRLN--    135
                       .|:.|...|    |:         .:.|.:::|  :.:.|:|..|.  
SYY_METJA         58 --IGDYNKKVFEAMGLKAKYVYGSEFQLDKDYTLN--VYRLALKTTLKRA    103

SYY_ECOLI        136 --------REDQGISFTEFSYNLLQGYDFACLNKQYGVVLQIGGSDQWGN    177
                             |||:.....|..|.::|..|...|    ||.:.:||.:|   
SYY_METJA        104 RRSMELIAREDENPKVAEVIYPIMQVNDIHYL----GVDVAVGGMEQ---    146

SYY_ECOLI        178 ITSGIDLTRRLHQ-------NQVFGLTVPLITKADGT-KFGKTEGGAVWL    219
                             |::|.       .:|..:..|::|..||. |...::|..:.:
SYY_METJA        147 --------RKIHMLARELLPKKVVCIHNPVLTGLDGEGKMSSSKGNFIAV    188

SYY_ECOLI        220 DP---------KKT---------SPYKFYQFWINTADADVYRFLKFFTFM    251
                     |.         ||.         :|......:.......:.|..||...:
SYY_METJA        189 DDSPEEIRAKIKKAYCPAGVVEGNPIMEIAKYFLEYPLTIKRPEKFGGDL    238

SYY_ECOLI        252 SIEEINALEEEDKNSGKAPR-AQYVLAEQVTRLVHGEEGLQAAKRITECL    300
                     ::.....||...||....|. .:..:||::.:::.               
SYY_METJA        239 TVNSYEELESLFKNKELHPMDLKNAVAEELIKILE---------------    273

SYY_ECOLI        301 F    301
                      
SYY_METJA        273 -    273


Additional Information