Главная страница

Реконструкция филогенетических деревьев (продолжение)



1. Получаем 100 бутстреп-реплик выравнивания мутантных последовательностей:
fseqboot align.fasta -auto

2. Подаем полученный файл на вход программе fdnaml:
fdnaml align.fseqboot -ttratio 1 -auto

3. По полученным 100 скобочным формулам (файл align.treefile) строим консенсусное дерево с помощью программы fconsense:
fconsense align.treefile 

                       +------C
                +-94.0-|
         +-85.0-|      +------B
         |      |
  +------|      +-------------A
  |      |
  |      |             +------E
  |      +--------50.0-|
  |                    +------F
  |
  +---------------------------D

Описание ветвей дерева как разбиений множества листьев:
D A B C E F
. . * * . . 94.00
. * * * . . 85.00
. . . . * * 50.00


Как видно, ветви консенсусного дерева и реального совпадают (ветвь, общая для A,B,C и D эквивалентна общей ветви для E и F).

Построение дерева с помощью программы fdrawtree:
4. Файл со скобочной формулой: tree.txt

5. Для построения дерева выполним команду
fdrawtree tree.txt

6. Изображение дерева:

©Сорочкина Александра