Описание сервиса PePPER. TFBS search
Обзор онлайн-сервиса PePPER выполнен Валяевой Анной и Яровенко Светланой.
Онлайн-сервис PePPER позволяет предсказать прокариотические промоторы, регулоны и TFBS (сайты связывания фактора транскрипции). Этот сервис основан на базе экспериментальных данных для регулонов, транскрипционных факторов и сайтов их связывания бактерий, таких как Escherichia coli, Bacillus subtilis, Pseudomonas syringae, Lactococcus lactis и других.
Сам PePPER делится ещё на три сервиса: Prokaryote promoters, DNA motifs, TFBS search. Здесь мы рассмотрим работу с TFBS search, с помощью которого осуществляется поиск сайтов связывания различных транскрипционных факторов. Внешний вид сервиса представлен на рисунке 1.
Рисунок 1. Основная страница TFBS search.
Мы будем работать с геномом бактерии Chloroflexus aurantiacus, поэтому для начала надо сменить активный геном. Это можно сделать, нажав по ссылке "Change active genome here". Перед нами откроется другой сервер, представленный на рисунке 2, куда мы вводим название нужной нам бактерии.
Рисунок 2. Смена активного генома.
Теперь возвращаемся на исходную страницу. К сожалению, геномную последовательность нельзя загрузить целым файлом, её нужно скопировать и вставить в белое окошко. Далее выбираем интересующий нас сайт связывания. Напротив него написано, на основе данных по какому организму будет осуществляться поиск. Общий вид показан на рисунке 3. Нажимаем на "Start RUN".
Рисунок 3. Поиск сайта связывания purR в геномеChloroflexus aurantiacus.
Через несколько секунд сайт перезагрузится и мы увидим результат (рисунок 4). Нажав на "Download the results file here", мы получаем информацио о координатах найденных сайтов в txt-формате. Конкретно для нашего примера - output.txt. Программу можно запустить заново, нажав на "Start a new run".
Рисунок 4. Результат поиск сайтов связывания purR в геномеChloroflexus aurantiacus.