Параметры, использованные при поиске гомологов исследуемого белка, представлены в таблице 1.
Database | UniprotKB/Swiss-Prot |
Algorithm | blastp (protein-protein BLAST) |
Max target sequences | 100 |
Expect threshold | 0.05 |
Word size | 6 |
Max matches in a query range | 0 |
Matrix | BLOSUM62 |
Gap Costs | Existence: 11 Extension: 1 |
Compositional adjustments | Conditional compositional score matrix adjustment |
Текстовую выдачу программы можно найти здесь.
Выбранный белок и его 5 гомологов представлены в таблице 2.
ID | ACCESSION |
PMEA_DICD3 | P0C1A9 |
PME3_CITSI | P83948 |
ME17_ARATH | O22149 |
PME23_ARATH | Q8GXA1 |
PME58_ARATH | Q9FJ21 |
PME2_CITSI | O04887 |
Последовательности этих 6 белков были выровнены с помощью программы Jalview, результат можно увидеть здесь. Приведенные белки являются гомологичными, поскольку процент идентичности их парного выравнивания c Pectinesterase A Dickeya dadantii более 30%, а покрытие более 75%.
Однако стоит отметить негомологичность N-концов исследуемых 6 белков.
ID | POLN_AURAV |
AC | Q86924 |
OS | Aura virus (AURAV) |
mature protein | mRNA-capping enzyme nsP1 |
coordinates | 1..539 |
fasta-file | file |
blast output | file |
Jalview progect | file |
О гомологии протеинов говорят достаточно высокий процент индетичности (более 63%) попарных выравниваний 5 белков с выбранным белком при большом покрытии (более 87%) и значительное количество совпадений при множественном выравнивании в Jalview.
Virus | E-value (all DB) | E-value (only viruses) | E-value (only viruses)/E-value (all DB) |
POLN_SLDV | 4e-125 | 2e-126 | 0,05 |
POLN_SPDV | 2e-124 | 9e-126 | 0,045 |
Поскольку E-value одного конкертного белка прямо пропорциональна размеру банка, используя данные таблицы 4, определим какой процент базы данных Swiss-Prot содержит записи о вирусных белках: примерно 5%.
Использованная бессмысленная последовательность:
DEARIFEARWEREFACINGAPROBLEMYOULOVEMENOLONGERIKNOWANDMAYBETHEREISNOTHINGTHATICANDO
Длина: 81 а.о.
Параметры: по умолчанию
Результат: программа не нашла ни одного выравнивания
Однако после увеличения E-value с 0.05 до 5 было найдено одно выравнивание, а при увеличении E-value до 50 программа выдала 3 выравнивания.