Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

C помощью программы fiber пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. Ссылки на полученные файлы представлены ниже:

А-форма ДНК: gatc-a.pdb

B-формa ДНК: gatc-b.pdb

Z-форма ДНК: gatc-z.pdb

Задание 2

В B-форме ДНК (1bna) были найдены большая и малая борозки (см. рисунок 1). Рассмотрим цитозин, он показан стрелкой на рисунке 1. На рисунке 2 красным цветом обозначены атомы цитозина (22:B.C8, 22:B.N7, 22:B.C5, 22:B.C6, 22:B.O6, 22:B.N1), обращенные в сторону большой бороздки, и синим цветом - атомы (22:B.C2, 22:B.N2, 22:B.N3, 22:B.C4, 22:B.N9)

Picture 1
Picture2
Table 1. Сопоставление форм ДНК
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
Шаг спирали (Å) 28.03 33.08 43.50
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 11,52 ([DC]3:B.P to [DG]6:A.P) 18.01 ([DG]22:B.P to [DG]4:A.P ) 8,68 ([DG]17:A.P to [DG]29:B.P)
Ширина малой бороздки 16,97 ([DT]11:A.P to [DC]24:B.P) 9,99 ([DT]8:A.P to [DC]21:B.P) 15,17 ([DC]28:B.P to [DG]13:A.P)

Задание 3

Picture 3

9 неканонических пар оснований в структуре тРНК:

901 - 972

905 - 968

954 - 958

955 - 917

943 - 927

944 - 926

913 - 922

914 - 908

915 - 948

Стебли:

901-907, 966-972

949-953, 961-965

939-944, 926-931

910-913, 922-925

Стебли выделены голубыми скобками на рис. 4.

Комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям, стабилизируют третичную структуру тРНК засчет образования водородных связей:

954-958

955-917

914-908

915-948

918-956

Picture 4