Работа в программе FASTME

С помощью программы fastme было построено дерево для следующих бактерий:

Click to see table 1

Table 1. Отобранные бактерии
Название	Мнемоника
Mycolicibacterium vanbaalenii	MYCVP
Mycobacterium leprae	MYCLE
Mycobacterium tuberculosis	MYCTU
Rhodococcus jostii	RHOJR
Corynebacterium efficiens	COREF
Corynebacterium diphtheriae	CORDI
Streptomyces avermitilis	STRAW
Thermobifida fusca	THEFY

Алгоритм действий:

1) Загружаем файл в выровненными белковыми последоватлеьностями в формате PHYLIP (файл в формате FASTA был преобразован в файл в формате PHYLIP в программе JalView)

2) Выбираем Data Type: protein alignment. Остальные параметры оставляем неизменными (по умолчанию стоит алгоритм TaxAdd_BME)

3) Полчаем следующие файлы: Settings , Newick file

4) Переходим по полученной ссылке для визуализации дерева

Picture 1. FASTME & MEGA (Minimum evolution)

Сравнивая полученное дерево с деревом, построенным в программе MEGA (алгоритм: Minimum evolution), можно заметить, что результат работы двух программ одинаковый.