Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Файл со всеми протеомами: см

Файл с выдачей BLAST: см

Находки из выдачи BLAST

Picture 1. находки BLAST

Реконструкция и визуализация

С помощью JalView последовательности были скачаны и выравнены алгоритмом Muscle. Далее выравнивание было импортировано в MEGA и алгоритом Neighbor joining было построено дерево.

дерево в формате nwk без длин ветвей

дерево в формате nwk с длинами ветвей

Было получено следующее дерево:

Picture 2. Tree
Picture 3. Паралоги и ортологи
Picture 4. Паралоги и ортологи

В таблице ниже приведены названия белков, указанных в дереве:

Table 1. Названия белков
Q47MU4 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
Q82QV8 Putative AAA family ATPase
A1TG43 ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q82EE9 ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q47KU4 ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q47MZ2 ATPase
Q0S6Y7 Chaperone protein ClpB
Q82EB8 Putative ATP-dependent Clp protease
A1TG29 ATPase AAA-2 domain protein
Q0S8C7 ATP-binding subunit of ATP-dependent Clp protease
Q8FMH5 Putative endopeptidase Clp ATP-binding chain C
Q6NFB1 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
Picture 5. Ортологи сокращенные

В таблице ниже приведена расшифровка рисунка 5:

Table 2. Информация о сокращенных ортологах
белок полное название у каких бактерий? у всех бактерий? соответствует ли реконструированная филогения белка филогении бактерий?
ClpX АТФ-связывающая субъединица Clp протеаз MYCTU MYCLE MYCVP RHOJR STRAW THEFY CORDI COREF да да
FtsH АТФ-зависимая цинковая металлопротеаза MYCTU MYCVP STRAW THEFY нет ветвь, содержащая STRAW THEFY, соответсвует филогении бактерий, также сохраняется ветвь с MYCTU MYCVP