Поиск сайта разрывной транскрипции sgRNA в геноме Duck coronavirus

Когда говорят о животных, способных распространять коронавирус, часто упоминают летучих мышей. Однако мало кто знает, что многие птицы тоже являются опасными переносчиками, поскольку они преодолевают огромные расстояние во время миграций и, следовательно, могут приносить возбудителей заболеваний из одного континента в другой.

В качестве объекта для поиска сайта разрывной транскрипции sgRNA был выбран геном Duck coronavirus (см рисунок 1, левая панель).

Picture 1. Схема-сеть видов гамма- и дельтакоронавирусов и их основных хозяев

Визуализация генома выбранного коронавируса была осуществлена с помощью программы SnapGene (рис 2).

Picture 2. Визуализация генома Duck coronavirus в SnapGene

Для программы MEME был создан входной файл, содержащий последовательности (100 nt), расположенные upstream от страт-кодонов (AUG) генов Duck coronavirus.

Абсолютно в каждой последовательности (см рисунок 3) был наден шестибуквенный мотив ААСААА с приемлемым p-value. Следовательно, полученный мотив ААСААА с большой вероятностью является коровой часть (СS) TRS сигнала.

Picture 3. Визуализация мотивов, найденных программой MEME

С помощью FIMO и полного генома выбранного коронавируса была проверена полученная PWM. Результат работы программы говорит о том, что лишние сигналы не были найдены, значит, все построено верно.