Визуализация молекул в JMol

Изучаемый белок Crystal structure of the grapevine defensin VvK1 ( PDB ID: 7C31) - антимикробный протеин растения Vitis vinifera.¹

1. Jmol - апплет и отображение молекулы

2. Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода

Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (градусы)
Альфа-спирали
N(23VAL) - O(19ASN)	2.97	167.6
N(21ALA) - O(17ASP)	2.84	158.2
N(22LEU) - O(18HIS)	2.99	155.9
Средние значения:	2.93	160.6
Бета-тяжи
N(3CYS) - O(45LYS)	2.85	174.4
N(45LYS) - O(3CYS)	3.06	152.2
N(5SER) - O(43CYS)	2.92	150.5
Средние значения:	2.94	159.0

3. Результаты и обсуждения

Как видно из таблицы, среднее значение длин водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре равно 2.93Å для альфа-спирали и 2.94Å для бета-тяжей.Полученные данные совпадают с литературными, так как значения близки к 3Å.²Данные значения длин удовлетворяют отрезку 2.5-3.2 Å, поэтому будем считать что эти связи средней силы и преимущественно электростатические.²

В ходе измерений углов N-H-O были получены следующие средние значения: 160.6° для альфа-спирали и 159.0° для бета-тяжей.Полученные данные удовлетворяют стандартным значениям.³

Источники

1.PDB: ссылка

2.Информация о длине водородных связей: ссылка

3.Информация об углах водородных связей: ссылка