На главную

Практикум 2

Описание работы с программами PHYLIP

Команда	Описание и результат
fprotdist -sequence RL_aligned.fasta -outfile distance_RL.fprotdist	Команда принимает на вход множественное белковое выравнивание (файл RL_aligned.fasta) и выдает матрицу расстояний между последовательностями (distance_RL.fprotdist) присем по умолчанию программа использует JTT модель замен опция (method) скорость мутаций во всех сайтах считается постоянной (как и при построении дерева в MEGA, но можно и там и там выбрать распределение скоростей мутации согласно гамма-распределению)
fneighbor -datafile distance_RL.fprotdist -outfile tree_RL.fneighbor	Команда принимает на вход матрицу расстояний и выдает файл с деревом в формате Newick (distance_rl.treefile) и файл со схематическим изображением дерева и описанием длин ветвей (tree_RL.fneighbor). Матрица по умолчанию на вход подается квадратная (параметр -matrixtype s), способ построения дерева Neighbor-joining (параметр -treetype n)

Дерево получившееся при использовании программ PHYLIP

Дерево, получившееся при использовании MEGA

Данные неукорененные деревья имеют идентичную топологию и очень похожие, но не всегда идентичные длины аналогичных ветвей. Это странно, ведь для оценки эволюционных расстояний используется одна и та же эволюционная модель JTT а оценка происходит по методу наибольшего правдоподобия. Мое предположение состоит в том, что MEGA не рассматривает колонки с гэпами совсем, а fprotdist возможно использует данные для оценки расстояний из колонок выравнивания с гэпами для тех последовательностей у которых гэпов нет.

Описание работы с программами fdrawgram и fdrawtree

Команда	Описание и результат
fdrawgram -intreefile distance_rl.treefile -plotfile plot_gram.fig -plotter f -previewer n
fdrawtree -intreefile distance_rl.treefile -plotfile plot_tree.fig -plotter f -previewer n

Комментарий

Полученные файлы в формате fig были конвертированы в png. fdrawgram рисует укорененное дерево, а fdrawtree неукорененнное. Все попытки изменить вид изображения, меняя параметры увенчались неуспехом.