3D структура Fab фрагмента аутоантитела, специфичного к трансглутаминазе-2. (PDB id - 5IT2)

Ссылка на скрипт

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (ангстремы)	Угол N-O-C (°)
α - спирали
1	N(146LYS) - O(142ASP)	3.20	155.3
2	N(147SER) - O(144GLN)	3.00	124.7
3	N(148GLY) - O(145LEU)	2.97	119.4
4	N(207GLU) - O(203LYS)	2.94	159.4
5	N(208LYS) - O(204ALA)	3.25	149.2
6	N(208LYS) - O(205ASP)	3.09	111.3
7	N(209HIS) - O(206TYR)	3.48	114.0
β - тяжи
1	N(166THR) - O(214ASN)	3.05	157.7
2	N(214ASN) - O(166THR)	2.99	160.8
3	N(168SER) - O(212ASN)	2.95	149.8
4	N(212ASN) - O(168SER)	2.79	147.0
5	N(220THR) - O(215HIS)	3.12	137.3
6	N(215HIS) - O(220THR)	2.84	154.0
7	N(222VAL) - O(213VAL)	2.80	159.0

Диаграмма, отображающая распределение длин водородных связей между атомами остова в белковых молекулах, согласно источнику.[III]	Диаграмма распределения длин водородных связей, построенная по приведенным выше измерениям. (ОХ - длина связи в ангстремах, OY - число связей, попадающих в этот интервал длин)

Сравнив диаграммы, можно сделать вывод о том, что большая часть длин водородных связей, как в приведенном источнике, так и в моих измерениях лежала в пределах от 2,9-3,0 ангстрем.

Тип вторичной структуры	Среднее значение угла	Среднее значение длины связи	Медиана угла	Медиана длины связи
α - спирали	133,3	3,13	124,7	3,09
β - тяжи	152,2	2,93	154,0	2,95

Согласно источникам [IV] и [V], длина водородных связей между остовными атомами в α - спиралях обычно имеет длину около 2,99 ангстрем, а в β - слоях - около 2,91 ангстрем. В нашем случае средняя длина водородной связи в β - слое получилась лишь немногим больше ожидаемого, а в α - спиралях, оказалась больше ожидаемого на 0,14 ангстрем. Однако в среднем водородные связи в α - спиралях оказались длиннее, чем в β - слоях, что соответствует данным источников. Угол связи N-O-C ближе к идеальным 180° у β - слоев (отклонение от 180 у β - листов лежит в пределах от 42,7° до 19,2°, в то время как угол в α - спиралях может отклоняться от 180° в пределах 68,7° до 20,4°), вероятно вследствие особенностей этих вторичных структур. Так, цепи β - слоев могут располагаться прямо напротив друг друга, как и донор и акцептор водородной связи, а донор и акцептор в α - спирали вынуждены располагаться на оси, закрученной в пространстве.