ID   6BAR:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
FT   SIGNAL        1     33       
FT   REGION        1     13       N-REGION.
FT   REGION       14     25       H-REGION.
FT   REGION       26     33       C-REGION.
FT   TOPO_DOM     34     42       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     43     61       
FT   TOPO_DOM     62     67       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     68     87       
FT   TOPO_DOM     88     92       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     93    118       
FT   TOPO_DOM    119    129       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    130    149       
FT   TOPO_DOM    150    154       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    155    172       
FT   TOPO_DOM    173    176       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    177    196       
FT   TOPO_DOM    197    264       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    265    286       
FT   TOPO_DOM    287    297       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    298    319       
FT   TOPO_DOM    320    330       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    331    352       
FT   TOPO_DOM    353    359       CYTOPLASMIC.
//

SIGNAL        1     33

TRANSMEM     43     61

TRANSMEM     68     87

TRANSMEM     93    118

TRANSMEM    130    149

TRANSMEM    155    172

TRANSMEM    177    196

TRANSMEM    265    286

TRANSMEM    298    319

TRANSMEM    331    352

Графический вывод программы Phobius, по оси х отложена координата белка, по оси у - вероятность для данного участка белка оказаться одним из четырёх классов: сигнальным пептидом (зависимость вероятности от координаты изображена красной линией), цитоплазматическим участком (зеленой линией), не цитоплазматическим участком (синим цветом) и трансмембранным участком (серый цвет).

• Алгоритм TMHMM оказался неспособен предсказать все спирали, в отличие от алгоритма Phobius, который предсказал все спирали кроме первой, которую он признал сигнальным пептидом. Дело в том, что оба алгоритма основаны на скрытых марковских моделях и видимо поэтому во многих случаях ведут себя похожим образом (вместе расширяют предполагаемые координаты спирали к N или C концу для одной и той же реальной спирали), однако Phobius имеет дополнительные алгоритмы для улучшенного поиска сигнальных пептидов, которые необходимы для котрансляционной транслокации синтезирующегося пептида через транслокон по ту стоону мембраны (будь то внутренняя мембрана бактерий или мембрана ЭПР). Сигнальный пептид содержит в себе гидрофобные аминокислоты, которые по их свойствам узнаются SRP, которая вызывает паузирование трансляции и направляет рибосому к транслокону, где трансляция возобновляется. Так как сигнальный пептид гидрофобен (а еще видимо имеет типичную для трансмембранных а-спиралей длину) он часто узнается программами как трансмембранный участок. Phobius был создан чтобы различать трансмембранные участки и сигнальные пептиды, но в данном случае он выдает ложноположительный результат относительно наличия сигнального пептида в начале данного белка и это его единственная значимая ошибка в предсказании трансмембранных участков, в отличии от TMHMM, котрый по непонятным мне причинам не смог идентифицировать две а-спирали в середине последовательности. Так как исследователи знают о проблеме путаницы с определением сигнальных пептидов и трансмембранных участков, они бы повнимательнее присмотрелись к выдаче Phobius и возможно заметили его ошибку, в отличие от не поддающихся идентификации ошибок предсказаний TMHMM, поэтому я бы предпочла использовать Phobius. Лишних предсказаний ни одна из программ не делала.

База данных TCDB

а-спираль - содержащий белок

белок, содержащий бета - листы

© Кристина Перевощикова, 2019