| Home | About | Materials | FBB site |
|---|
1. Карта локального сходства двух полипротеинов
Была построена карта локального сходства полипротеина вируса полиомиелита (AC P23069) - Query, и
полипротеина вируса ящура (AC P03305) - Subject.
Xарактеристики двух лучших выравниваний:
| № | Identities | Positives | Query length | Subject length | Gaps | Score | Score (bits) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| № 1 | 29% | 48% | 613 | 644 | 57(8%) | 638 | 250 |
| № 2 | 31% | 44% | 410 | 431 | 65(14%) | 399 | 158 |
Для этих же двух локальных выравниваний были определены названия зрелых белков, к которым относятся соответствующие участки полипротеинов.
В первое локальное выравнивание попадают следующие участки Query(1592-2204):
1564-2205 Protein 3CD.
1564-1745 Protease 3C.
1746-2205 RNA-directed RNA polymerase.
и следующие участки Subject(1684-2327):
1650-1862 Protease 3C.
1863-2332 RNA-directed RNA polymerase 3D-POL.
Во второе локальное выравнивание попадают следующие участки Query(1008-1417):
1029-1125 Protein 2B.
1126-1454 Protein 2C.
и следующие участки Subject(953-1383):
954-1107 Protein 2B.
1108-1425 Protein 2C.
2. Сравнение веса выравнивания со случайным
Для двух пар белков: предположительно гомологичных (ARAA_ECOLI и ARAA_BACSU) и предположительно неродственных (TOP1_ECOLI и UXAB_BACSU) сравнили вес оптимального локального выравнивания с весами оптимальных локальных выравниваний первого белка со 100 случайно перемешанными последовательностями второго.| ID 1 | ID 2 | Score | m (медиана) | Q1 (верхний квартиль) | Score (bits) | P |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ARAA_ECOLI | ARAA_BACSU | 1434.5 | 54,25 | 60,50 | 221,84 | 1,66e-67 |
| TOP1_ECOLI | UXAB_BACSU | 57,00 | 56,5 | 63,25 | 1,07 | 0,475 |
2b. Проверка формулы для перевода в биты.
Были сделаны уже не 100 перемешиваний, а 1000. Формула для пересчёта веса в биты должна давать для уровня верхней 1/8 весов случайных выравниваний значение в 3 бита (хотя бы приближённо). У меня получилось -3,25 (?).
xlsx
3. BLAST: поиск гомологов в банке
Был взят белок Putative periplasmic iron-binding protein из организма Serratia plymuthica PRI-2C (ANS42615.1). Программой BLAST были найдены в банке Swiss-Prot белки с последовательностями, наиболее сходными с данной. Характеристики двух лучших находок:| ID | AC | Organism | Identities | Positives | Query length | Subject length | Gaps | Score | Score (bits) | Expect | Query coverage |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| YFEA_YERPE | Q56952.2 | Yersinia pestis | 80% | 86% | 296 | 303 | 7(2%) | 1265 | 491 | 6e-176 | 94.3% |
| Y362_HAEIN | Q57449.1 | Haemophilus influenzae Rd KW20 | 74% | 83% | 287 | 287 | 0(0%) | 1138 | 442 | 7e-157 | 91.4% |