| Home | About | Materials | FBB site |
|---|
Две последовательности - ARAA_ECOLI и ARAA_BACSU - были выровнены тремя разными способами:
1) Парное выравнивание, полученное из множественного путем удаления всех последовательностей, кроме двух (были получены все последовательности с мнемоникой функции ARAA, выровнены программой muscle, а затем из получившегося множественного выравнивания были удалены все, кроме ARAA_ECOLI и ARAA_BACSU).
2) Глобальное выравнивание оставшихся последовательностей программой needle (EMBOSS).
3) Локальное выравнивание их же программой water (EMBOSS).
Далее эти три выравнивания были выровнены друг относительно друга программой muscle, открыты в одном окне Jalview, и последовательности были раскрашены по %Identity отдельно в каждом выравнивании.
Проект Jalview
Выявленные отличия:
1. В положении 344-347 программа muscle выровняла эти последовательности не так, как needle и water: Leu(325) и Gln(326) выровнены на гэпы, Gly(327) гомологичен Lys(324), а Gly(328) гомологичен Arg(325). У остальных двух программ в этом месте результат одинаковый: needle - гэпы стоят под Gly(327) и Gly(328), Leu(325) гомологичен Lys(324), Gln(326) гомологичен Arg(325); water - гэпы стоят под Gly(322) и Gly(323), Leu(320) гомологичен Lys(319), Gln(321) гомологичен Arg(320).
2. В положении 381-382 программа muscle снова отличилась: Glu(362) выровнен на гэп, а Lys(363) - на Gln(359). Needle ставит Glu(362) гомологичным Gln(359), а Lys(363) - гэпу. Water солидарна с needle: Glu(357) стоит напротив Gln(354), а Lys(358) напротив гэпа.
3. Локальное выравнивание программой water, в силу своей сущности, короче двух других. Оно начинается с Asn(1)-Asp(1), в то время как другие два выравнивания начинаются, как положено, с Met(1)-Met(1).
Примечание: взяв для выравнивания выравниваний гомологичные белки, я немного промахнулась, поскольку все используемые программы выровняли эти последовательности почти одинаково, отчего трудно было находить различия и сопоставлять их между собой. Тем не менее, мне кажется, что оптимальный вариант (наиболее правдоподобный) - это глобальное выравнивание программой muscle, поскольку в ней анализируется сразу много родственных последовательностей, следовательно, меньше вероятность ошибки.