| |
Скрипт
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| # |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали (на цепи C) |
| 1 |
N(115CYS)-O(111SER) |
3.10 |
151.5 |
| 2 |
N(119ALA)-O(115CYS) |
3.12 |
165.7 |
| 3 |
N(124LEU)-O(120LEU) |
2.90 |
132.4 |
| Бета-тяжи (на цепи B) |
| 1 |
N(107ALA)-O(68PHE) |
2.85 |
167.5 |
| 2 |
N(105ILE)-O(70PHE) |
2.82 |
166.9 |
| 3 |
N(72LEU)-O(103LEU) |
2.90 |
151.9 |
Известно, что оптимальная длина водородной связи составляет <= 3.5 Å, в среднем около 2.8 Å.
А угол N-O-C должен быть равен приблизительно 180° (± 30°).
Исходя из измеренных величин, получилось, что средняя длина водородной связи в альфа-спирали 3.04 Å,
между бета-тяжами 2.86 Å. Угол N-O-C в альфа-спирали в среднем составляет 149.9°,
а между бета-тяжами 162.1°. Таким образом, полученные значения вполне согласуются с
известной моделью. Заметны небольшие различия в строении вторичных структур: водородные связи в
альфа-спиралях немного длиннее, чем у бета-тяжей, а угол чуть острее.
|
|