FoxE P43212, Rhodopseudomonas ferrooxidans SW2 putative iron oxidaseСсылка на то, что сделала ЗараPDB ID: 5MVO Uniprot ID: UniProtKB - A3DTD8 (A3DTD8_9RHOB) Лиганды2 низкомолекулярных лиганда - атома меди, 6 фосфатов и 6 гемов.Пептидные связиПептидные связи - это одна из разновидностей ковалентных взаимодействий между остатками. Длина пептидной связи в среднем получилась равной 1.33 А.Солевые мостикиСначала были выбраны все аминокислоты, способные образовывать солевые мостики: отрицательно заряженные Asp и Glu и положительно заряженные Arg, His и Lys. Между ними 16 водородных связей, но ни одной между радикалами положительно- и отрицательно-заряженных аминокислот. Все взаимодействия между С=O и N-H пептидной связи. Это не солевые мостики.Дисульфидные мостикиЭто вторая разновидность ковалентных взаимодействий между остатками. Было найдено всего 3 таких мостика, между [CYS]80:B и [CYS]258:B ; [CYS]80:C и [CYS]258:C ; [CYS]258:A и [CYS]80:A. Их длины соответственно 2.04, 2.06 и 2.04 А.Гидрофобные взаимодействияСначала были выделены все гидрофобные остатки аминокислот, затем был выбран MyResidue - остаток тирозина 190:B. Его покрасили в зеленый и представили в виде ван-дер-ваальсовских радиусов, потом визуализировали все остатки, атомы которых ближе 7.0 А от моего остатка. Постепенно были просмотрены ван-дер-ваальсовские радиусы атомов, находящихся на расстоянии 1, 2, 3, 4, 5, 6 и 7 А от моего остатка. Радиусы атомов, находящихся на расстоянии меньше 4.0 А, практически полностью закрывают выделенный остаток тирозина (тем не менее, его все еще можно рассмотреть). Плотность гидрофобного ядра растет от 1.0 А до 4.0 А, а затем, по моим наблюдениям, идет на убыль (ведь радиус становится значительно больше, а количество атомов растет незначительно).Скрипт |