Pr9

Home	About	Materials	FBB site

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

С помощью программы needle из EMBOSS были выровнены три пары белков с одинаковыми мнемониками функций.

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
L-arabinose isomerase	ARAA_ECOLI	ARAA_BACSU	1432.5	52.6%	71.4%	4	3
Sodium-potassium/proton antiporter ChaA*	CHAA_ECOLI	CHAA_BACSU	171.5	22.1%	41.0%	69	19
Aspartate 1-decarboxylase	PAND_ECOLI	PAND_BACSU	274.0	44.9%	59.1%	1	1

*Примечание: для пары CHAA_ECOLI и CHAA_BACSU не совпали рекомендованные полные имена в записях Swiss-Prot. Для CHAA_ECOLI это Sodium-potassium/proton antiporter ChaA, тем временем для CHAA_BACSU - Ca(2+)/H(+) antiporter ChaA. Получается, что, несмотря на одинаковые мнемоники функций, это немного разные белки. Этим, как мне кажется, объясняется и полученный результат их выравнивания (на уровне плинтуса).

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

С помощью программы water из EMBOSS были выровнены всё те же три пары белков с одинаковыми мнемониками функций.

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
L-arabinose isomerase	ARAA_ECOLI	ARAA_BACSU	1434.5	52.9%	71.9%	4	4	99.0%	98.9%
Sodium-potassium/proton antiporter ChaA*	CHAA_ECOLI	CHAA_BACSU	177.0	22.8%	43.6%	47	16	93.7%	94.0%
Aspartate 1-decarboxylase	PAND_ECOLI	PAND_BACSU	276.0	48.3%	62.9%	0	0	92.1%	91.3%

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Была выбрана случайная пара белков c разными мнемониками функций: TOP1_ECOLI и UXAB_BACSU. Эта пара была выровнена программой needle (глобально) и water (локально).

3.1. Глобальное выравнивание

Protein 1 Name	Protein 2 Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
DNA topoisomerase 1	Altronate oxidoreductase	TOP1_ECOLI	UXAB_BACSU	47.5	13.1%	20.2%	559	35

3.2. Локальное выравнивание

Protein 1 Name	Protein 2 Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
DNA topoisomerase 1	Altronate oxidoreductase	TOP1_ECOLI	UXAB_BACSU	57.0	17.9%	31.9%	217	31	53.1%	87.9%

4. Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview.

Глобальное выравнивание белков ARAA_ECOLI и ARAA_BACSU в виде проекта Jalview

5. Множественное выравнивание белков

Для PAND_ были найдены в Swiss-Prot все белки, чьи идентификаторы начинаются с этой мнемоники. Таких белков нашлось 402 (>entret sw:PAND_* -filter | grep -c ^ID). Были выбраны пять из них: PAND_COREF, PAND_HERA2, PAND_CLOTH, PAND_ECOLI, PAND_BACSU. Выполнено множественное выравнивание этих пяти белков с помощью программы muscle.

Глобальное множественное выравнивание, Jalview

Примечание: на мой взгляд, все 5 белков выровнялись неплохо. Немного выбиваются из общей картины PAND_HERA2 и PAND_CLOTH. В начале последовательности сильно заметны отличия PAND_ECOLI от остальных. Отчетливо выражены консервативные и неконсервативные участки анализируемых белков: в начале последовательностей много консервативных (сохраняются у всех или почти у всех пяти белков одинаковыми, окрашены синим), а в конце последовательностей преобладают неконсервативные (различные у пяти белков, окрашены белым).