Кирилл Цуканов

Текущий семестр:

VII.

1. Электронная плотность. Рассеяние на электроне

Архив:

I.

• Сбор информации о белке
• Сбор информации о бактериях
• Построение моделей молекул в ChemSketch
• Работа в RasMol
• Торсионные углы и карта Рамачандрана
• Исследование вторичной структуры белка
• Контакты в молекуле белка

II.

• Linux
• UniProt/SwissProt
• Поисковые системы
• PubMed
• Выравнивания последовательностей
• Парные выравнивания
• BLAST
• Множественные выравнивания
• Паттерны и банк PROSITE
• Эволюционные домены
• Поиск мотивов, программы MEME и MAST
• PSI–BLAST

III.

• Химическое строение нуклеиновых кислот
• A- и В- формы ДНК. Структура РНК
• Комплексы ДНК-белок
• База данных EMBL
• Программы пакета BLAST
• Поиск гомологов некодирующих последовательностей
• Самостоятельная работа по определению генов
• Геномные браузеры
• Предсказание генов

IV.

• Филогенетические деревья
• Реконструкция филогенетических деревьев
• Алгоритмы реконструкции деревьев
• Нуклеотидные последовательности и паралоги
• Классификация ферментов
• Киотская энциклопедия генов и ферментов
• Функциональная роль гена в подсистеме
• Особенности мембранных белков
• Эволюционные домены
• Профили
• Анализ профилей