Chayote mosaic tymovirus

Описание генома Chayote mosaic tymovirus

По типу носителя генома вирус (русское название мне неизвестно) классифицируется как ssRNA positive-strand virus, то есть носителем информации является одноцепочечная РНК. Хозяином данного вируса являются представители семейства Тыквенные (Cucurbitaceae), в частности, чайот (Sechium edule) [1].

Геном этого вируса состоит из одной молекулы РНК. Информация о ней содержится в записи AF195000 банка RefSeq. Геном состоит из 6364 нуклеотидов. В нем закодировано всего три гена. Информация о них приведена в Таблице 1.

Длина генов кратна 3, так как данные гены кодируют белки, а значит для того, чтобы поставить в соответствие нуклеотидам аминокислоты, необходимо разбить последовательность на триплеты. В белке целое число аминокислот, значит в гене – целое число триплетов.

При этом, первые 2 гена перекрываются, а их рамки считывания различны (первый ген начинается со 140-го нуклеотида, второй – с 147-го, то есть у первого гена +2 рамка считывания, у второго - +3 относительно первого нуклеотида генома). Графическое изображение РНК Chayote mosaic tymovirus приведено на Рис.1, а участок пересечения первых двух генов вируса приведен на Рис.2.

Рис.1. Расположение генов на РНК Chayote mosaic tymovirus (идентификатор записи GenBank AF195000) Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

Рис.2. Участок генома Chayote mosaic tymovirus (идентификатор записи GenBank AF195000). Показано перекрытие двух генов. Последний кодон нижнего гена (TGA) соответствует стоп-кодону и не кодирует аминокислот. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)

Гены вируса кодируют 3 различных белка: некий белок движения, видимо необходимый для проникновения в клетку-хозяина, репликационный белок, необходимый для размножения, и белок капсида. Интересно, что гены этих белков расположены в геноме в той же последовательности, в которой они нужны вирусу для жизнедеятельности (попадание в клетку-хозяина, размножение, генерация капсида и выход дочерних особей из клетки-хозяина).

Ссылки

[1] Chayote mosaic virus, a New Tymovirus Infecting Cucurbitaceae. Phytopathology. 2000 Oct;90(10):1098-104. doi: 10.1094/PHYTO.2000.90.10.1098.